Во втором письме отцу, который не одобрил её решения, она писала: «...Я лгала всё это время, оставаясь для всех в моей старой вере... Это было бы невозможным для меня продолжать жить так, как я раньше жила». По просьбе великой княгини для её отца протопресвитер Иоанн Янышев составил «Пункты различия между православным и протестантским вероучением», на полях текста Элла оставила приписки. «Даже по-славянски, – писала она, – я понимаю почти всё, никогда не уча его». В ответе брату Эрнсту она объясняла своё решение тем, что её привлекает именно основа веры. «Внешние признаки только напоминают нам о внутреннем, – подробно описывала она своё состояние. – ...Я перехожу из чистого убеждения; чувствую, что это самая высокая религия, и что я делаю это с верой, с глубоким убеждением и уверенностью, что на это есть Божие благословение». Кроме английской королевы Виктории и сестры Виктории Баттенбергской родственники великой княгини не одобрили её решения. В письме от 5 января 1891 г. цесаревичу Николаю Элла подтвердила своё решение перейти в православие: «...Хочу сделать это к Пасхе, чтобы иметь возможность причаститься на Страстной неделе. Это великий шаг, т.к. для меня начнётся новая жизнь, однако я верю, что Господь благословит такое решение». 13 апреля 1891 г., в Лазареву субботу, великая княгиня перешла в православие и приняла имя Елисавета. Согласно традиции, отчество Феодоровна давали немецким принцессам в честь почитаемой Феодоровской иконы Божьей Матери. «Это событие, отпразднованное всей Россией совместно с величайшим из праздников христианских, – сообщал архимандрит Антонин (Капустин) в письме великому князю Сергею Александровичу, – имело свой отголосок и в Святой Земле, хранящей в своей признательной памяти живыми и цельными светлые образы августейших паломников 1888 г.». В память о Палестине архимандрит передал в подарок Елизавете Фёдоровне «несколько античных вещиц», найденных при раскопках. В связи с назначением Сергея Александровича московским генерал-губернатором 5 мая 1891 г. супруги прибыли в Москву и вначале расположились в Александринском дворце на территории Нескучного сада, затем переехали в дом генерал-губернатора на Тверской. Живя летом в окрестностях Саввина Сторожевского монастыря, Елизавета Фёдоровна регулярно посещала его службы и в церкви села Ильинского Звенигородского уезда Московской губернии. Она продолжала изучение русского языка и литературы с гофлектриссой Екатериной Адольфовной Шнейдер, помогала деревенским детям, открыла для них школу в селе Ильинском, занималась живописью. Сохранились портреты фрейлины Екатерины Николаевны Козляниновой (Государственный Эрмитаж) и Зинаиды Николаевны Юсуповой (частное собрание), выполненные Елизаветой Фёдоровной на высоком художественном уровне. Много рисунков она предоставляла для экспозиции на благотворительных выставках. 3 июня 1892 г. Елизавета Фёдоровна присутствовала при освящении в Угличе дворца Димитрия Иоанновича, царевича Угличского и Московского, и открытии в нём музея отечественных древностей.