Отличительными чертами собрания являются широкий хронологический диапазон, различные по содержанию книги, значительное число ранних, редких и лицевых рукописей. Около половины собрания составляют рукописи середины XIV – XVII вв., из них более 150 имеют точную датировку. Многие тексты представлены несколькими списками разного времени. Около сотни рукописей Е.Е. Егоров унаследовал от деда и отца. Основную часть собрания он приобрёл у московских и санкт-петербургских антикваров, на Нижегородской ярмарке, у старообрядцев Москвы, Санкт-Петербурга, Поволжья. Коллекционер заказывал рукописи профессиональным переписчикам, в частности Ивану Гавриловичу Блинову, выполнившему в 1910 гг. для Е.Е. Егорова экземпляр «Слова о полку Игореве» (рукопись написана стилизованным уставом и украшена великолепными миниатюрами). В составе собрания Е.Е. Егорова были рукописные книги, происходившие как из частных библиотек (епископа Амфилохия (Сергиевского-Казанцева), А.И. Егорова, Е.С. Егорова, И.Д. Першина, Н.П. Никифорова, князя Дмитрия Михайловича Голицына и др.), так и из монастырских собраний (Ниловой Столобенской в честь Богоявления мужской пустыни, Антониева Сийского, Иосифа Волоколамского в честь Успения Пресвятой Богородицы, Кириллова Белозерского в честь Успения Пресвятой Богородицы, Корнилиева Комельского в честь введения во храм Пресвятой Богородицы, Коневского Рождественского, Межигорского в честь Преображения Господня, Ферапонтова Мартинианова Белозерского в честь Рождества Пресвятой Богородицы, Чудова в честь Чуда архангела Михаила в Хонех монастырей, Троице-Сергиевой лавры и др.) и из библиотек приходских церквей. Ряд кодексов восходит к библиотекам монастырей Путна и Бисерикани (в румынской Молдове), молдавских обителей, список Пандектов Никона Черногорца (главы 31-63, середина XIV в.) происходит из библиотеки болгарского монастыря Зограф на Афоне. Около четверти собрания составляют книги Священного Писания, творения отцов церкви и богослужебные рукописи, датируемые преимущественно XVI–XVII вв. Среди них велика доля певческих рукописей крюковой нотации XVII–XX вв. (около 100). Наиболее ранними являются Апостол-апракос второй половины XIV в. русского извода и Евангелие-апракос конца XIV – начала XV вв. русского извода. Другую значительную часть коллекции составляют рукописи патристического, богословско-учительного, аскетического, полемического содержания, памятники древнерусской оригинальной и переводной литературы. В этой группе выделяется новгородское Учительное Евангелие второй четверти XVI в., украшенное миниатюрами, инициалами и заставками работавших позднее (после 1548 г.) в Кремле мастеров. Исследователи уверены, что из царской мастерской происходит и так называемый Егоровский сборник, содержащий 330 великолепных миниатюр, сборник имеет тесную связь с Лицевым летописным сводом, создававшимся кремлёвскими мастерами в Александровой слободе после переезда туда царя.