Переговоры Е.Е. Егорова с советом Преображенской общины о перевозе коллекций на Преображенское кладбище велись на протяжении 1910 гг., окончательное решение должно было быть принято весной 1918 г. (коллекции предполагалось разместить в здании больницы Преображенского кладбища). 15 декабря 1917 г. Е.Е. Егоров был убит грабителями в домашней моленной. Похоронен на Преображенском кладбище, могила сохранилась. Коллекции Е.Е. Егорова были взяты под охрану советской властью. Большую роль в их поступлении в Государственный Румянцевский музей (в 1925–1992 – Государственная библиотека Ленина, ныне – Российская государственная библиотека) сыграл заведующий отделением рукописей и старопечатных книг музея Г.П. Георгиевский. 19 декабря 1917 г. он обратился к исполняющему обязанности наркома имуществ Павлу Петровичу Малиновскому, возглавлявшему Комиссию по охране памятников старины и художественных сокровищ при Моссовете, с просьбой принять срочные меры для охраны имущества Е.Е. Егорова. 28 декабря 1917 г. П.П. Малиновский выдал мандат на приём научного и художественного имущества Е.Е. Егорова на временное хранение в Румянцевский музей. В январе 1918 г. были подготовлены «охранительные» описи собрания Е.Е. Егорова. В Румянцевский музей была вывезена большая часть рукописей, а также часть икон, предметов мелкой пластики и кириллических книг, оставшаяся часть коллекции должна была временно храниться в доме Е.Е. Егорова. Вскоре на основании декрета СНК РСФСР, по которому все завещания в пользу религиозных общин были аннулированы, а дальние родственники лишены права наследования, коллекция Е.Е. Егорова была национализирована и объявлена государственным достоянием. 3 марта 1919 г. руководство Румянцевского музея обратилось в Моссовет с просьбой о передаче их музею «в полную собственность», ходатайство было удовлетворено. В феврале 1921 г. в музей были перевезены остававшиеся в доме Е.Е. Егорова рукописи, старопечатные книги и библиотека. В 1923 г. иконы и предметы мелкой пластики из собрания Е.Е. Егорова были переданы Историческому музею, в Румянцевском музее осталось 66 икон «для сравнительного изучения рукописных миниатюр и иконописных изображений». Впоследствии часть икон из Исторического музея и иконы из Библиотеки Ленина перешли в Третьяковскую галерею. После образования в Библиотеке Ленина отдела редких книг ему были переданы кириллические книги из коллекции Е.Е. Егорова, к 1979 г. в его фондах хранилось более 500 изданий кириллической печати XV–XVIII вв., в том числе 349 московских, 70 белорусских (главным образом, старообрядческих) и более 100 украинских изданий из собрания Е.Е. Егорова (часть книг собрания была передана в библиотеку Новосибирского университета, дублеты попали в другие библиотеки страны); рукописи и архив Е.Е. Егорова в настоящее время составляют фонд № 98 ОР РГБ. Собрание славяно-русских рукописей Е.Е. Егорова включало более 2 тыс. книг середины XIV – начала XX вв. и было одной из крупнейших частных коллекций в стране.