В сентябре 1573 г. царь Иван IV Васильевич Грозный при поддержке монастырской братии просил Евфимия стать настоятелем Волоколамской обители, однако Евфимий отказался. Согласно духовной грамоте Евфимия, царь всё же настоял на его назначении. 26 июля 1575 г. митрополит Антоний поставил Евфимия игуменом Иосифова монастыря вместо Тихона (Хворостинина), хиротонисанного 5 июля во архиепископа Казанского. К 1570 гг. относятся труды Евфимия по упорядочению монастырской документации. В 1573 г. вместе с книгохранителем Пафнутием (Рыковым) Евфимий составил опись книг Волоколамского монастыря. Даже в старшей своей части она не является повторением описи 1545 г., но существенно отредактирована. По мнению исследователей, основная заслуга в этом принадлежит Пафнутию (Рыкову), однако они не могут отрицать и участия Евфимия, переписавшего оригинал описи (Российская государственная библиотека). Исследователи полагают, что будучи уже игуменом, Евфимий составил «Список старой кормовой», в котором соединены синодик и кормовая книга Волоколамского монастыря (Исторический музей), вскоре эту рукопись Евфимий заменил новым списком (Исторический музей). На бумажной оклейке внутри верхней крышки переплёта пергаменной рукописи сохранилась помета: «Се список старои кормовои, держати в церьки по вся дни и на понахидах чести в обычныа, в меньшиа, кормы, а в большиа кормы государьскиа на понахыдах чести по новому списку, по книге игуменьскаго письма Еуфимьева». В этих важных источниках записаны имена и фамилии первых вкладчиков обители, указаны дни их памяти по месяцам. Во время игуменства Евфимия в новый список кормовой книги делались записи и вставки листов (Исторический музей). Евфимий считается автором особых записных книг с чином поминовения вкладчиков монастыря и с указанием о кормах, последнюю записную книгу он создал в 1584–1585 гг. (Российская государственная библиотека, Российский государственный архив древних актов). В 1578/1579 г. Евфимий написал монастырский устав – «Обиходник» (список 1578/1579 г. – автограф Евфимия: Исторический музей). «Обиходник» содержит сведения о распорядке монастырской жизни, о богослужении, о церемониале приёма часто посещавшего обитель царя Ивана IV Васильевича. В «Обиходнике» Евфимий дал хвалебную характеристику отцу царя – великому князю Василию III Ивановичу, о чьей «милостыни... государьския и великого жалования не мочно сказати и не исписати».