На Руси почитание мучеников не было столь распространённым, как в Византии и на Балканах. Образ Евстратия входил в деисусный чин иконостаса Успенского собора Кириллова Белозерского монастыря (1497 г.). Изображение святого присутствует на одной из новгородских «софийских таблеток» (конец XV – начало XVI вв., Новгородский музей). Почитание мучеников в царской семье во второй половине XVI в. связывают с обстоятельствами женитьбы Ивана Грозного на Анастасии Романовне: 13 декабря 1546 г., в день памяти святых, царь советовался о предстоящей женитьбе с митрополитом. В честь этого события конюхами царя была построена обыденная церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи в Староконюшенном переулке в Москве, боковой придел которой освящён во имя мучеников. Святые были изображены в росписи Архангельского собора Московского Кремля, иконография которой восходит к 1565–1566 гг. Ряд памятников свидетельствует о том, что мученики как покровители царского дома почитались в семьях Бориса Годунова и первых Романовых. Так, образ Евстратия помещён на столпе церкви Святой Троицы в Вязёмах (конец XVI в.), вотчине царя Бориса, среди святых, соимённых членам его семьи. Образ Евстратия присутствует на иконе царских изографов «Богоматерь Феодоровская с избранными святыми на полях» (1630 г., Третьяковская галерея). Как отметила Валентина Ивановна Антонова, состав изображённых на полях патрональных святых подчёркивает родственную связь дома Романовых с царями из рода Рюриковичей через первую жену Ивана IV. Из придела пятерых мучеников церкви Усекновения главы Иоанна Предтечи в Староконюшенном переулке происходит живописная рама с житием святых (1690 гг., Музей-заповедник «Коломенское»). На 11 клеймах рамы представлены сцены мучений святых. В цикл включены пять сцен, связанных с их посмертным чудом в монастыре Олимп близ Константинополя. В основу иконографии клейм рамы положены тексты Жития пространной редакции из Пролога и Сказание о чуде, которое произошло в монастыре Олимп. Подписями к клеймам служат цитаты из данных источников. Ряд мучений, которые, согласно Житию, претерпел Евгений, приписаны Авксентию (клейма 6–8). Из-за неустойчивости иконографии мучеников их идентификация для исследователей затруднена. Так, на миниатюре из Минология Василия II Евстратий представлен в облике средовека с чёрными волосами и окладистой чёрной бородой; Орест и Мардарий – безбородые юноши с короткими каштановыми волосами; у Евгения борода и волосы короткие, волнистые, тёмно-каштановые; у Авксентия высокий лоб, короткие седые волосы и борода.