В 1663 г. Константинопольским патриархом Дионисием III (1662–1665), Александрийским Паисием (1657–1665, 1668–1677/1678 гг.), Антиохийским Макарием и Иерусалимским Нектарием (1661–1669 гг.) был подписан томос, поддержавший Алексея Михайловича в его конфликте с Никоном. Томос утверждал главенство царя как единоличного властителя, осуждал усвоение каким-либо духовным лицом звания «государя» и т.д. В 1666–1667 гг. в Большом Московском Соборе приняли участие патриархи Александрийский Паисий и Антиохийский Макарий, которые после соборного осуждения и низложения Никона отправили о том грамоты патриархам Иерусалимскому Нектарию и Константинопольскому Парфению IV (1657–1662, 1665–1667, 1671, 1675–1676, 1684–1685 гг.). При Алексее Михайловиче выросло число русских городов, развивалось мануфактурное производство, большого размаха достигла внутренняя и внешняя торговля, проходила активная колонизация Восточной Сибири и Дальнего Востока. Промышленники и искатели добычи доходили до берегов Ледовитого и Тихого океанов и до границ Китая. Правительство закрепляло приобретение новых земель постройкой городов и крепостей-острогов: были основаны Нерчинск (1653 г.), Иркутск (1652 г.), Селенгинск и ряд других городов. Установились дипломатические отношения с Персией и Китаем, развивались регулярные торговые и дипломатические связи с западноевропейскими государствами. Значительных успехов Россия при Алексее Михайловиче достигла в культурном развитии. Увеличилось число грамотных людей, появились первые школы и учебники. Построены великолепные храмы (св. пророка Илии в Ярославле, ансамбли Нового Иерусалима под Москвой, царские дворцы в Кремле и селе Коломенском). В архитектуре сформировался новый стиль – нарядное московское «нарышкинское барокко». В изобразительном искусстве получила распространение «парсунная» (портретная) живопись. Выдающимся живописцем был Симон Фёдорович Ушаков (1626–1686 гг.), стремившийся к реалистическим формам в иконописи и портрете. При дворе Алексея Михайловича появился первый драматический театр, который ставил пьесы, в основном, на библейские сюжеты. 1 сентября 1674 г. Алексей Михайлович объявил сына Фёдора наследником престола. Похоронен в кремлёвском Архангельском соборе, его царствование заложило основу для преобразований Петра I.