Молодой царь рано осознал необходимость проведения важных преобразований: реформирования государственного управления, армии, проведения церковной реформы. Всё это приходилось делать одновременно, в сложных условиях социальных потрясений в стране (многочисленных бунтов и восстаний) и военных конфликтов (постоянных войн с Польшей, Швецией, Крымским ханством и Турцией). Чтобы поправить расстроенные финансы, правительство увеличило прямые и косвенные налоги. В 1646 г. вдвое был повышен налог на соль, особенно тяжкий для низших слоёв населения, что вызвало в июне 1648 г. восстание в Москве («соляной бунт»). Алексей Михайлович был вынужден выдать на расправу бунтующей толпе наиболее ненавистных людей из своего окружения, но ему удалось спасти Б.И. Морозова, тайно отправив его в Кириллов Белозерский монастырь. После подавления бунта он был возвращён в Москву, но, несмотря на расположение к нему царя, уже не имел прежнего значения в управлении: Алексей Михайлович больше не нуждался в его опеке. Городские восстания, вызванные ростом косвенных налогов, в 1648–1650 гг. прокатились по всей стране, затронув и Сибирь. Соляной налог пришлось отменить. Восстания повлияли на ускорение кодификации законодательства. По приговору царя с Боярской думой в июле 1648 г. комиссии из пяти лиц было поручено составить проект нового Уложения. 1 сентября 1648 г. в Москве собрался земский Собор из «выборных людей разных чинов государства», который в 1649 г. принял Уложение. Для укрепления власти и авторитета самодержавного монарха в Уложение были введены статьи, по которым даже «умысел» на здоровье, жизнь и честь государя были возведены в ранг тягчайших государственных преступлений. Уложение окончательно закрепило крестьян за помещиками, прикрепило посадское население городов к тяглу. В дальнейшем Соборное Уложение пополнялось «новоуказными статьями» – «о татебных, разбойных и убийственных делах», «о вотчинах и поместьях», о смертной казни за самовольный выход тяглых людей из посада и др. Уложение в главе «О богохульниках и о церковных мятежах» ужесточило меры (вплоть до сожжения) против еретиков, поставило духовенство под юрисдикцию светского суда по гражданским делам, тем самым ограничивалась компетенция церковного суда. Судебные дела (исключая собственно церковные) духовных лиц были переданы светским судебным учреждениям и созданному в 1650 г. Монастырскому приказу, который занимался также определёнными административными вопросами жизни церкви. Статьи Уложения 1649 г. не распространялись на патриарха и находящихся в его вотчинах людей, которых судил сам патриарх (из патриаршего суда исключались лишь дела о «душегубстве и разбоях»). Уложение 1649 г. легло в основу последующего законодательства. Одновременно проводилась кодификация церковного права. В 1650 г. была издана новая Кормчая книга, а также ряд царских и патриарших указов, регламентировавших духовную жизнь общества. При Алексее Михайловиче проходила централизация местного и центрального управления, расширение самодержавной власти царя и угасание значения земских Соборов: после Собора 1653 г., принявшего решение о воссоединении Малороссии с Россией, земские Соборы в его царствование уже не собирались.