В 1666–1667 гг. в Москве был созван церковный Собор при участии восточных патриархов (Большой Московский Собор), который утвердил церковные нововведения, осудил действия Никона и лишил его сана патриарха. Никон в защитительном трактате «Разорение» обвинял Алексея Михайловича и его правительство в покушении на церковную свободу и независимость. На Соборе Алексей Михайлович столкнулся с оппозицией иерархов, указавших на ряд недостатков в церковном управлении. Архиереи высказали недовольство несоблюдением в России «древнего апостольского и соборного правила» – собираться дважды или, по крайней мере, один раз в год Архиерейским соборам «для исправления церковных дел»; отрицательно отнеслись к положению, что в церковном управлении, как у патриарха в его приказах, так и у прочих архиереев, епархиальные дела решают преимущественно светские чиновники, а всё духовенство, начиная с митрополитов, во всех делах судится по Уложению Алексея Михайловича в Монастырском приказе. Собор запретил привлекать священников и монахов «в мирские судилища», суд над духовенством в епархиях должны были осуществлять назначенные архиереями духовные лица. Светские вассалы епископа (владычные бояре) могли вершить свой суд лишь над светскими людьми во владениях церкви. Если Стоглавый Собор сохранил суд светских чиновников над духовными лицами, совершившими тяжёлые уголовные преступления, то решения Собора 1666–1667 гг. передавали и этот вид суда архиерею, который должен был наказать «по священным правилом»; лишь при повторном совершении такого преступления священник, предварительно лишённый сана, мог быть передан в руки светских судей. Дела о спорах между духовенством и мирянами должен был также рассматривать духовный суд. Архиереи постановили созывать дважды в год епархиальные Соборы духовенства. Важной основой отношений светской власти к духовной послужило покаянное обращение («Молебное послание») Алексея Михайловича к мощам Московского  митрополита Филиппа (Колычёва), убитого в 1569 г. по приказу царя Ивана IV Васильевича Грозного. В послании осуждался царский произвол, и заявлялась необходимость следовать законным установлениям во взаимоотношениях между царём и духовной властью. При Алексее Михайловиче сложились следующие принципы взаимодействия церкви и государства. Царь имел право «предложения» кандидата на патриарший престол, влиял на избрание епархиальных архиереев и утверждал настоятелей монастырей; часто издавал указы относительно церковных дел от своего имени и от имени патриарха, созывал Соборы.