Алексей Михайлович рассматривал царскую власть как установленную Богом, считал монарха источником «права и милости». Называя себя «государем Святой Руси», он рассматривал её как оплот вселенского православия. При нём продолжался рост приказной бюрократической системы. Количество приказов к концу его царствования возросло вдвое (с 40 до 80), а число приказных людей – более чем в три раза (с 800 до 2800). Приказы учреждались как для новых отраслей управления, так и для управления вновь приобретёнными территориями (Смоленский, Сибирский, Малороссийский, Литовский). В 1654 г. был учреждён Тайный приказ (действовал до 1676 г.), служивший личной канцелярией царя: через него проходили разнообразные дела, касавшиеся как вопросов государственного управления, так и частного хозяйства и личного обихода царя. При Алексее Михайловиче значительную часть русского войска составили организованные по западноевропейскому образцу «полки иноземного строя», первый опыт создания которых был предпринят при царе Михаиле Фёдоровиче. Это были регулярные конные (драгунские и рейтарские) и пехотные (солдатские) полки, устройством которых занимались приглашённые иностранные специалисты. Из Европы приглашались также техники, мастеровые, архитекторы, живописцы, лекари, аптекари. В 1652 г. их поселили в московской пригородной Немецкой слободе, которая стала проводником западного культурного влияния в России. Правительству Алексея Михайловича и православной церкви приходилось вести борьбу против усилившейся в то время экспансии католичества, лютеранства, кальвинизма и прочих «еретических учений». Ограничивались контакты православных русских людей с католиками, лютеранами и кальвинистами. Православным запрещалось посещать костёлы и кирхи, а иноземцам в России – православные храмы. Был установлен запрет на ввоз книг иностранной печати, кроме напечатанных Греческой церковью. В 1647 г. Алексей Михайлович сблизился с кружком «ревнителей благочестия», который возглавлял царский духовник, настоятель Благовещенского собора протопоп Стефан Вонифатьев. Деятели кружка стремились к упорядочению церковной жизни, богослужения, распространению проповеди. Первым заметным достижением боголюбцев стало отстаивание «единогласия». При Алексее Михайловиче было запрещено одновременное совершение нескольких чинопоследований или частей одного чинопоследования («многогласие»), широко практиковавшееся с целью сокращения богослужения. Постановление о «единогласии» было принято ещё Стоглавым Собором (1551 г.), однако «многогласие» в богослужении продолжало существовать и даже распространялось, службы совершались быстро и «со всяким небрежением». Патриарх Иосиф (1642–1652 гг.), несмотря на письменные и словесные просьбы боголюбцев и самого царя, не осмеливался исправить положение. В феврале 1651 г. состоялся по этому вопросу Собор, на котором по настоянию Алексея Михайловича и Стефана Вонифатьева было решено держаться «единогласия» при чтении. В следующем, 1652 г., Алексей Михайлович принял меры против «раздельноречного» пения (хомонии). Была составлена комиссия из 14 лучших дидаскалов (музыкальных учителей), но ряд обстоятельств помешал ей исполнить поручение. Окончательно этот вопрос был решён комиссией из шести дидаскалов в 1667 г.