К царю обращалась церковная власть за содействием в борьбе с противниками церкви и в ограждении своих прав, нарушаемых влиятельными лицами. Царь также обращался за содействием к церкви, совещался с патриархом не только по церковным, но и по государственным делам. Представители духовенства присутствовали на всех земских Соборах, где решались важные внутри- и внешнеполитические вопросы. Патриарх имел право печалования – ходатайства перед царём за осуждённых и опальных лиц. Церковь активно привлекала светскую власть для борьбы с расколом. При этом Алексей Михайлович был сторонником преимущественно нерепрессивного разрешения конфликта со старообрядчеством, при нём лидеры раскола приглашались ко двору, призывались на церковных Соборах к покаянию и примирению с церковью. В его царствование значительно расширилась территория страны. В 1654 г. в состав России добровольно вошла Левобережная Украина (Малороссия). В связи с начавшейся войной с Польшей (1654–1667 гг.) Алексей Михайлович издал воззвание ко всем сынам православной церкви, духовным и мирским людям царства Польского и княжества Литовского, в котором призывал их переходить на сторону русского государя. После вступления московских войск в пределы Белоруссии Могилёв, Полоцк, Гомель, Витебск и другие города сдались им без боя. В начале 1655 г. были взяты Вильна, Ковно, Гродно и Пинск. Под власть русского царя перешли вся Белоруссия и многие местности Литвы. В освобождённом крае восстанавливалось православие: освящались осквернённые, запустелые, вновь построенные православные церкви и монастыри, была учреждена Полоцкая (1656 г.) епархия, которой (так же как и Могилёвской епархии) было предписано «иметь повиновение и послушание» Московскому патриарху. В результате Русско-польской войны к России отошли Киев с прилегающей к нему областью по правому берегу Днепра, Северская земля с Черниговом и Стародубом, Смоленская земля со Смоленском. За период царствования Алексея Михайловича число епархий Русской церкви возросло с 12 до 20. Во время войн с Польшей и Швецией царь молился о победе русского войска в Троице-Сергиевом и Саввином Сторожевском монастырях, лично участвовал в походах. Во время военных действий побывал в Витебске, Полоцке, Могилёве, Гродно, Ковно, Вильне, ознакомился там с новыми порядками и обычаями. После возвращения в Москву внёс перемены в придворный обиход, заимствовав некоторые черты украинско-польского уклада. Алексей Михайлович оказывал значительную помощь восточным патриаршим престолам и монастырям, принимал многочисленные православные посольства.