В 1568 г. игумен Кирилл, присланный из Москвы царём Иваном IV Васильевичем Грозным, основал при Никольском храме астраханский во имя Святой Троицы мужской монастырь, который сыграл исключительно важную роль в становлении церковной жизни в Астрахани и учреждении здесь епархии, один из настоятелей монастыря – Феодосий (Харитонов) – стал первым Астраханским архиереем. Первоначально территория края находилась под управлением Казанских архиереев, в 1602 г. была учреждена Астраханская и Терская епархия, с которой связана вся дальнейшая история православия в Астраханском регионе. В Астраханской области зарегистрированы община Русской православной старообрядческой церкви (старообрядцев Белокриницкой иерархии) при храме Рождества Пресвятой Богородицы в Астрахани и одна община беспоповцев, признающих брак, в которую входят даниловцы и поморцы, община беспоповцев имеет молельный дом в Астрахани. Родоначальником староверия в Астраханском крае считают сосланного в Астрахань в 1653 г. костромского протопопа Даниила, единомышленника Аввакума Петрова. С 1683 г. в Нижнем Поволжье начали селиться бежавшие из Москвы стрельцы. В XVIII в. число старообрядцев и сектантов в крае росло, поскольку в эти труднодоступные и малонаселённые места, прозванные Разгуляем, ссылались или уезжали сами все не согласные с установлениями центральной власти. Об этом свидетельствует весьма значительное число уклонявшихся от исповеди в 1717–1722 гг.: в Астрахани – 2324 человек, в городах Астраханской епархии – 11 345 человек. По сообщениям епархиальных миссионеров, в XIX в. наибольшее число старообрядцев проживало в Астрахани, где существовала община Белокриницкой иерархии (попечителями моленной много лет состояли купцы Шульгины) и беспоповщинские сообщества – безбрачников и сторонников брака, в Астраханском и Красноярском уездах, среди населения которых преобладали староверы, в Черноярском и Енотаевском уездах проживало примерно равное число староверов и сектантов. Все названные старообрядческие согласия были представлены и в ХХ в. В Астрахани действует незарегистрированная община Русской православной церкви за границей, появившаяся после 1992 г. В 1995–1996 гг. священнослужители РПЦЗ совершали требы и богослужения не только в Астрахани, но и в области, с 1997 г. их деятельность ограничивается совершением богослужений в городской квартире в Астрахани. На территории Астраханской области имеет одну общину, зарегистрированную 27 декабря 1991 г., и благотворительное отделение «Каритас-Астрахань». Первый католический костёл появился в Астрахани в августе 1721 г., в 1760 г. вместо него построили каменный костёл в честь Успения Божьей Матери (в это время в Астрахани было около 400 католиков). В 1936 г. костёл был закрыт, в советское время использовался как склад, возвращён католикам в 1991 г. В 1717 – около 1920 гг. Астрахань была центром Астраханской епархии Армянской апостольской церкви – первой епархии Армянской церкви в России, вначале включавшей в себя все армянские приходы на территории Русского государства.