Выполняя это решение, 25 августа епископ Борис послал в Москву лжемитрополиту Антонину (Грановскому) телеграмму о признании ВЦУ. Однако последнюю точку в решении вопроса должно было поставить пятое епархиальное собрание, созванное в сентябре на котором большинство сельского духовенства и мирян высказались против ВЦУ. В это время из Москвы поступила информация о якобы происшедшем распаде ВЦУ, а потому вопрос о его признании собрание оставило открытым и учредило в Уфе православное епархиальное управление под председательством епископа Бориса. Колебания епископа Бориса, компромиссные формулировки постановлений о временном и об условном характере признания ВЦУ, наконец, решения епархиального собрания не устроили ГПУ. 18–19 октября епископ Борис был арестован и через два дня отправлен в Пермь в связи с рассмотрением там дела о «контрреволюционных деяниях» духовенства на Урале при А.В. Колчаке. Немедленно после ареста епископа Бориса по телеграмме из Златоуста уполномоченного ВЦУ В. Лобанова уфимское «прогрессивное» духовенство образовало обновленческое епархиальное управление, которое захватило дела епархии. В этот момент во временное управление епархией вступил Златоустовский епископ Николай (Ипатов), который признал ВЦУ как административный орган «в надежде на его непоколебимое православие». Победа обновленцев оказалась непрочной. По приглашению православного союза приходских советов Уфы 4 ноября 1922 г. в епархию прибыл Томский епископ Андрей (Ухтомский), в августе освобождённый из-под ареста. Епископ Андрей категорически отверг возможность компромисса с ВЦУ и энергично выступил против раскольников. Понимая неизбежность нового ареста, епископ Андрей ради защиты православия и сохранения архипастырей предпринял ряд важных шагов. Он действовал в соответствии со следующими распоряжениями высшей церковной власти: постановлением патриарха Тихона, Священного Синода и Высшего Церковного Совета от 20 ноября 1920 г. о мерах на случай разобщения епархии с высшим церковным управлением или в связи с вынужденным прекращением деятельности последнего; посланием Патриаршего Заместителя Ярославского митрополита Агафангела (Преображенского) от 18 июня 1922 г., разрешающим архиереям временное самостоятельное управление епархиями в случае отсутствия канонического центра или невозможности связи с ним впредь до восстановления законной высшей церковной власти; «Определением о викарных епископах» поместного Собора от 15 апреля 1918 г.; постановлением Священного Синода и ВЦС от 23 июня 1919 г. об увеличении числа епископов. Эти документы сыграли важную роль в жизни церкви в период наступления обновленчества, поскольку наметили эффективную тактику по сохранению православной иерархии и церковной структуры, которая заключалась в переходе правящего архиерея ко временному самостоятельному управлению епархией (в документах начала 1920 гг. такие епархии назывались автокефальными или автономными), в умножении числа викарных архиерейских кафедр и в преобразовании крупных викариатств в самостоятельные епархии.