Впоследствии, когда из-за сложного положения в епархии епископ Андрей не смог прибыть на вторую сессию Собора (20 января/2 февраля – 20 апреля 1918 г.), вместо него в Москву поехал епископ Николай, и 9 апреля 1918 г. Собор признал его полномочия как полноправного члена «на время отсутствия на Соборе уполномочившего его иерарха». В этом качестве 18 апреля 1918 г. епископ Николай подписал Деяние Собора о прославлении в лике святых Иркутского епископа Софрония (Кристалевского). Первоначально епископ Николай жил в уфимском в честь Успения Пресвятой Богородицы мужском монастыре, в 1918 г. решением властей монастырь был превращён в артель «Свет», вскоре занят под концентрационный лагерь. Местом пребывания Златоустовского викария не позднее весны 1918 г. стал Уфимский архиерейский дом. В мае-июне 1918 г., когда на территорию епархии пришла гражданская война, Златоустовский викарий находился вместе с правящим архиереем в Уфе. В начале июня 1918 г., готовясь под ударами чехословацких частей к отступлению из Уфы, большевики приняли решение о захвате заложников. В списки намеченных к аресту лиц попали епископы Андрей и Николай, видное духовенство города. Однако, боясь народного возмущения, власти не тронули священнослужителей, заложниками стали миряне – деятели приходских советов (А.Ф. Ниц, А.М. Каминский и др.). После изгнания большевиков из Уфимской губернии в июле 1918 г. основными направлениями деятельности епископа Андрея и его викария стали, во-первых, восстановление церковной жизни, возобновление учебного процесса в духовных учебных заведениях, оказание помощи духовенству, пострадавшему от большевиков; во-вторых, поддержка «Народной армии» (Вооружённых Сил «Комитета членов Учредительного собрания» – антибольшевистского правительства, сформированного в Самаре и к середине лета 1918 г. контролировавшего значительную часть территории Поволжья и Южного Урала). В августе– сентябре 1918 г. епископы Андрей и Николай провели первое епархиальное собрание в соответствии с Положением, утверждённым поместным Собором. Выполняя соборное «Определение о викарных епископах», согласно которому расширялись полномочия викариев, обязанных теперь управлять частями епархии «под общим руководством епархиального архиерея… на правах самостоятельных епископов» и иметь пребывание в городах, по которым титулуются, епископ Андрей в августе 1918 г. передал все дела по Златоустовскому уезду епископу Николаю (Златоустовский уезд располагался в северо-восточной части Уфимской губернии, граничил на юго-западе с Уфимским, на северо-западе с Бирским уездами Уфимской губернии, на севере с Красноуфимским, на северо-востоке с Екатеринбургским уездами Пермской губернии, на юго-востоке с Челябинским и Троицким, на юге с Верхнеуральским уездами Оренбургской губернии; в настоящее время эта территория находится в пределах Башкирии и Челябинской области). К началу 1918 г. в Златоустовском уезде действовало 59 храмов, территориально относившихся к пяти благочиниям (из них одно единоверческое, включавшее семь церквей: Свято-Троицкую в Златоусте и шесть сельских). В Златоусте было шесть православных храмов (из них один единоверческий), семь домовых церквей, 12 часовен.