Исполняя это требование, епископ Николай в письме от 20 мая 1923 г. «Духовенству и мирянам Уфимской епархии» сообщил, что в марте 1923 г. он и его паства, «ознакомившись с воззванием председателя ВЦУ митрополита Антонина (Грановского)», снова просили принять их в общение и теперь находятся в ведении обновленческого высшего церковного совета. Возвращение епископа Николая к обновленцам, по мнению исследователей, было связано с давлением со стороны ГПУ, которое весной–летом 1923 г. осуществляло массовые репрессии на Урале в отношении православного епископата и духовенства. Были арестованы почти все православные епископы Уфимской епархии: Староуфимский Аввакум (Боровков), Нижегородский Пётр (Гасилов), Бирский Трофим (Якобчук), Аскинский Серафим (Афанасьев), Давлекановский Иоанн (Поярков), Стерлитамакский Марк (Боголюбов) – находились в заключении православные архиереи Челябинской и Екатеринбургской епархий. Несмотря на повторное присоединение епископа Николая к обновленчеству, среди духовенства и мирян Златоустовского викариатства продолжалась борьба сторонников патриаршей церкви и раскольников, сопровождавшаяся репрессиями ОГПУ против тихоновцев. Окончательное размежевание произошло 30 сентября 1924 г. на Златоустовском епархиальном собрании духовенства и мирян, на котором православных вновь возглавил епископ Николай. В его заявлении, оглашённом на собрании, говорилось, что он отказывается от подчинения обновленческому синоду и от председательства в обновленческом Златоустовском епархиальном управлении. Собрание признало также отказ от должности уполномоченного синода по Златоустовской епархии протоиерея В. Лобанова, написавшего об уходе из обновленчества. Вслед за епископом в 1924 г. в православие вернулось большинство приходов Златоустовского викариатства. В Златоусте обновленцы потеряли все храмы, Свято-Троицкий собор вновь стал кафедральным храмом православных и оставался таким до закрытия в 1929 г. При управлении Златоустовским викариатством епископ Николай тяготел к исторически сложившимся тесным связям с Уфимской православной кафедрой, возглавляемой в тот период временно управляющим епархией Давлекановским епископом Иоанном (Поярковым). При этом сохранялся статус Златоустовского викариатства как полусамостоятельной епархии, на что указывает, в частности, отсутствие имени Златоустовского епископа в списках викарных архиереев православной Уфимской кафедры на 1926–1928 гг. 6 марта 1926 г. епископ Николай принял участие в архиерейском совещании в Уфе по вопросу о поставлениях викарных епископов для Уфимской и Златоустовской епархий, совершённых после смерти патриарха Тихона Томским архиепископом Андреем (Ухтомским) совместно с Нижнетагильским епископом Львом (Черепановым) в городе Теджене. Имелись в виду хиротонии Питирима (Ладыгина) в викария Нижегородского, архимандрита Антония (Миловидова) во епископа единоверческого Усть-Катавского и иеромонаха Руфина (Брехова) во епископа единоверческого Саткинского. Златоустовский епископ подписал постановление о признании поставлений архиепископа Андрея неканоничными, о пресечении деятельности рукоположённых им лиц и о запрещении их в священнослужении.