В конце 1950 гг. начался новый период гонений на церковь. В 1961 г. во Владимирской области были запрещены требы на дому, отпевания и панихиды на кладбищах. Согласно устному распоряжению районных и городских властей, крещение могло быть совершено только при обязательном присутствии родителей крещаемого, предъявлении ими паспортов и свидетельства из ЗАГСа. В 1964 г. в селе Ликине Владимирского района председатель сельсовета запретил крестить младенцев. В 1965 г. Владимирский областной исполнительный комитет ходатайствовал перед Советом по делам религий при Совете Министров СССР об ограничении колокольного звона в Успенском соборе. На жизни Владимирской епархии (как и других епархий РПЦ) тяжело отразилось внесение в 1961 г. под давлением государства изменений в «Положение об управлении Русской Православной Церковью», касающихся порядка приходского управления, в частности, исключение из приходских собраний и приходских советов настоятеля храма и всех вообще клириков. Как отмечал в отчёте за 1968 г. архиепископ Онисим, настоятели храмов перестали участвовать в хозяйственно-финансовой жизни прихода, не присутствовали «на собраниях обезглавленных общин». Благочинные Владимирской епархии указывали в отчётах на «ухудшение состояния хозяйственно-финансовых дел в приходах» как следствие внесения изменений в «Положение». Церковь испытывала сильное давление со стороны властей при проведении подписки на государственный заём, приходы нередко были обязаны вносить денежные суммы, не соответствующие их доходам. В 1960 гг. Владимирская епархия была поделена на пять благочиний. С 1960 г. количество приходов в епархии сокращалось. В 1960 и 1961 гг. закрылось по два прихода, в 1962 г. – четыре, в 1963 г. – пять приходов. В 1963 г. в епархии богослужения совершались в 52 храмах. Из 346 недействующих церквей 117 имели статус памятников архитектуры, из них только 44 здания были приспособлены для культурно-просветительских нужд, 79 недействующих храмов подлежали, по мнению властей, сносу. Власти отказывали приходам в проведении ремонта в храмах или всячески препятствовали этому, и тогда под предлогом плохого состояния церковных зданий ставился вопрос об их закрытии. К 1963 г. число духовенства во Владимирской епархии составило 72 человека. Минимальное число священнослужителей в клире Владимирской епархии (68 человек) зафиксировано в отчёте за 1964 г. С 1965 г. начался медленный рост численности клириков Владимирской епархии, в 1965 г. их было 72 человека. По-прежнему не хватало священнослужителей, имевших духовное образование, возникли трудности с замещением должностей регентов и псаломщиков. Такое положение сохранялось и в 1970 гг.: в 1973 г. из 70 клириков Владимирской епархии 21 человек не имел духовного образования. Церковь обеспечивала содержание клириков-пенсионеров из своего пенсионного фонда. В 1963 г. на содержании Владимирской епархии находился 101 пенсионер – священно- и церковнослужители, вдовы и сироты священников, монахини. Во многих храмах епархии несли послушания бывшие насельницы закрытых женских обителей. Так, в Благовещенском соборе Мурома левый хор состоял из монахинь и послушниц Серафимо-Дивеевского монастыря.