В июне–июле 1918 г. во Владимире прошёл епархиальный съезд духовенства и мирян под председательством митрополита Сергия. В повестку дня были включены вопросы положения церкви в новых условиях, церковного управления, духовной школы и др. Владимирская губерния была одной из первых, где начали проводиться вскрытия мощей святых. В феврале 1919 г. в связи с передачей зданий Княгинина монастыря под детский приют государственная комиссия произвела вскрытие мощей мученика Авраамия Болгарского. Тогда же были вскрыты мощи князей Андрея Боголюбского, Глеба и Георгия, почивавшие в Успенском кафедральном соборе. Духовенство установило дежурство в соборе при мощах, чтобы не допустить их осквернения, в числе первых дежурных был иеромонах Афанасий (Сахаров). В Муроме подверглись вскрытию мощи князя Петра и княгини Февронии, в Суздале – мощи Евфимия, Евфросинии и др. Весной 1921 г. Владимирский митрополит Сергий был арестован, через месяц освобождён, сослан в Нижний Новгород, где 10 июля 1921 г. возглавил хиротонию архимандрита Афанасия (Сахарова) во епископа Ковровского, викария Владимирской епархии. 16 июня 1922 г. печатный орган обновленцев «Живая церковь» опубликовал обращение митрополита Сергия, архиепископов Нижегородского Евдокима (Мещерского) и Костромского Серафима (Мещерякова), признающее каноничность обновленческого Высшего церковного управления и призывающее подчиниться ему («Меморандум трёх»). Вскоре митрополит Сергий вернулся во Владимир, однако в начале 1923 г. вновь был выслан в Нижний Новгород. 27 августа 1923 г., после возвращения из ссылки, митрополит Сергий принёс покаяние в грехе раскола патриарху Тихону и был назначен на Нижегородскую кафедру. В ходе кампании по изъятию церковных ценностей из Успенского собора 23 марта 1922 г. власти изъяли 1 фунт 13 золотников золота и более 4 пудов серебра. В связи с изъятием церковных ценностей в 1923 г. была арестована игуменья Успенского монастыря в Александрове Тамара (Лихарёва). Весной 1923 г. община Успенского собора во главе с настоятелем протоиереем Сергием Лавровым была вынуждена оставить храм, после чего разграбление храмового имущества пошло полным ходом. 30 июня были проданы как «книжный хлам» богослужебные книги из собора весом 810 пудов. 23 апреля 1924 г. собор передали обновленцам, Георгиевский придел остался в ведении музея. 26 марта 1926 г. собор полностью отошёл музею, в 1930 г. в Георгиевском приделе начал работу «антирелигиозный отдел» музея, в нём были помещены мощи князей Андрея Боголюбского, Глеба и Георгия, а также Авраамия Болгарского. Противостояние обновленчеству во Владимирской епархии возглавил Афанасий, его ближайшими сподвижниками были настоятель Спасо-Преображенского храма и благочинный церквей Владимира протоиерей Алексий Владычин, настоятель Троицкого храма иеромонах Герман (Зацепин), игумен Княгинина монастыря Олимпиада (Медведева). Афанасий запретил в служении уполномоченного обновленческого ВЦУ М. Тихонравова. После ареста святителя 30 марта 1922 г. центрами сопротивления расколу стали владимирские храмы Троицкий, Пятницкий и Спасо-Преображенский.