В 1788 г. Владимирская, Переславская и Суздальская семинарии были объединены в одну и переведены в Суздаль, ставший кафедральным центром. В 1798 г. епископская кафедра была возвращена во Владимир, туда же перевели и духовную семинарию. В начале XIX в. число учащихся духовной семинарии превышало 1,5 тыс. человек, в дальнейшем оно сократилось до 490 человек, в 1901 г. во Владимирской духовной семинарии обучались 605 воспитанников. Низшие классы семинарии в 1790 г. были реорганизованы в уездное духовное училище. Одновременно в семинарии расширилось преподавание общеобразовательных предметов: философии, истории, математики, физики, изучалось нотное пение, латинский, греческий, немецкий и французский языки. В последующие годы также вводились новые предметы, в основном, практического характера: медицина, сельское хозяйство, геодезия. До 1870 г. семинария руководила всеми духовными учебными заведениями епархии. В 1910 г. в духовной семинарии открылся исторический кружок, изучавший по преимуществу местную историю и сохранившиеся памятники старины. В 1911 г. начали работу классы живописи и музыки. В 1900 г. при семинарии было создано общество вспомоществования нуждающимся воспитанникам. При семинарии работала образцовая церковноприходская школа. Среди выпускников Владимирской духовной семинарии – государственный деятель Михаил Михайлович Сперанский, основатель и первый директор московского Музея изящных искусств Иван Владимирович Цветаев, профессор Московского университета математик Тимофей Фёдорович Осиповский, исследователи истории Владимирской губернии Константин Никитич Тихонравов, Яков Егорович Протопопов, археографы Вукол Михайлович Ундольский, Александр Иванович Иванов. 12 февраля 1865 г. Феофан открыл во Владимире епархиальное училище для девиц духовного звания. В 1901 г. в училище получали образование 385 учениц, в 1914 г. – 623 ученицы. Во Владимирской епархии действовали пять духовных уездных училищ: во Владимире (открыто в 1790 г.), в Муроме (в 1791–1800 гг. в городе существовала духовная школа, в 1816 г.открылось училище), в Переславле-Залесском (основано в 1788 г. в связи с упразднением Переславской духовной семинарии (учреждена в 1753 г.), к началу XX в. в Переславском духовном училище обучались 135 человек), в Суздале и в Шуе (открыто в 1816 г.). Духовная школа в Суздале открылась в 1723 г., в 1720–1730 гг. функционировала не постоянно; в 1740–1744 гг. в Спасо-Евфимиевом монастыре размещалась Суздальская духовная семинария, возобновившая работу в 1755 г., в 1788–1798 гг. Суздальская семинария приняла учеников упразднённых Владимирской и Переславской семинарий. В июле 1798 г., после переезда семинарии во Владимир, в Суздале было создано духовное училище, на базе которого в 1814 г. открылись уездное и приходское училища. Сеть церковноприходских школ складывалась в епархии в первой половине XIX в. по инициативе духовенства и прихожан. Так, в селе Шапкине Ковровского уезда в 1818 г. дьякон Егор Флёров открыл приходское училище, в котором занимались семь учеников, в других шести сёлах уезда школы не были созданы из-за отказа крестьянских обществ содержать их.