После 1789 г. Уфимский заказ был возвращён Казанской епархии, произошло перераспределение приходов между Вятской, Казанской, Костромской и Нижегородской епархиями. В 1798 г. в Вятской епархии, включавшей территории Вятской и Пермской губерний, действовало 529 церквей. В 1799 г. из Вятской епархии была выделена территория Великой Перми, отошедшая к новообразованной Пермской епархии (см. Пермская и Кунгурская епархия), границы Вятской епархии совпали с границами Вятской губернии. В 1843 г. в епархии действовала 441 церковь. В 1873 г. Вятская епархия была разделена на 43 благочиннических округа. В 1910 гг. в Вятской епархии существовало 866 церквей, из них 20 соборных, 28 монастырских, 659 приходских и ружных, 38 домовых и при казённых заведениях, 16 единоверческих, 52 кладбищенские, 53 приписные и упраздненные, а также 705 часовен и молитвенных домов. В епархии действовали семь мужских и семь женских монастырей. Клир епархии составляли 2769 священно- и церковнослужителей, из них 1256 священников, 597 диаконов, 916 псаломщиков.  Под влиянием революционных событий весной 1917 г. в «Вятских епархиальных ведомостях» публиковались статьи, содержавшие критику синодального управления церковью, а также резкие высказывания в адрес правящего Вятского епископа Никандра (Феноменова), который с 15 августа 1917 г. присутствовал на заседаниях поместного Собора Православной Российской Церкви 1917–1918 гг. в Москве, был избран заместителем члена Синода. 23 января 1918 г. вышел в свет декрет «Об отделении церкви от государства и школы от церкви», накануне было обнародовано послание Патриарха Московского и всея России Тихона (Белавина) с анафематствованием богоборцев, разоряющих церковь. После прочтения в храмах Вятской епархии послания патриарха начались аресты духовенства. 15 февраля был арестован протоиерей Казанского собора в Орлове Михаил Тихоницкий, признанный виновным, он был расстрелян 20 сентября. В Елабуге расстреляли протоиерея Павла Дернова и трёх его сыновей. В сентябре-декабре 1918 г. в Вятской губернии работала комиссия по проведению в жизнь декрета «Об отделении церкви от государства», епархия лишилась имущества и зданий на сумму свыше 730 тыс. руб. Епископ Никандр предложил духовенству применять по отношению к экспроприаторам «тягчайшие духовные кары, вплоть до отлучения от Церкви». В соответствии с положением ВЦИК «О единой трудовой школе в РСФСР», принятым 16 октября 1918 г., все церковноприходские школы и второклассные училища Вятской епархии были преобразованы в школы первой ступени. По губернии прокатилась волна крестных ходов, протестовавших против насилия над церковью, в Вятке во время крестного хода произошли столкновения с солдатами. Около 1918 г. Сарапульское и Елабужское викариатства Вятской епархии были объединены в самостоятельную Сарапульскую и Елабужскую епархию. К концу этого года епархия разделилась на Вятско-Глазовскую и Слободскую епархии. В связи с назначением епископа Никандра в конце 1918 г. на восстановленную Крутицкую кафедру (см. Крутицкая и Коломенская епархия) временное управление Вятской епархией осуществлял Слободской епископ Алексий (Кузнецов; 11 ноября 1918 г. – 20 мая 1919 г.).