Кроме того, кампания по изъятию церковных ценностей весной 1922 г. показала утрату V отделом общего руководства религиозной политикой, которое перешло к курируемой Львом Давидовичем Бронштейном (Троцким) межведомственной Центральной комиссии по изъятию церковных ценностей, а затем к Комиссии по проведению отделения церкви от государства при ЦК РКП(б) (Антирелигиозная комиссия). Осенью 1922 г. в связи с подготовкой нового Положения о НКЮ был поднят вопрос о дальнейшем существовании в наркомате «церковного» отдела. Такое решение получило поддержку коллегии НКЮ, на которой заместитель наркома юстиции Николай Васильевич Крыленко выдвинул такой план действий: «Пятый отдел в составе НКЮ упразднить, предложить ВЦИК организовать у себя особую комиссию по церковным делам в качестве руководящего органа советской церковной политики, придав ей в качестве технического аппарата нынешний аппарат пятого отдела с непременным включением в состав комиссии тов. Краснова в качестве постоянного представителя НКЮ». П.А. Красиков решительно выступал за сохранение своего отдела, тем не менее, 28 мая 1922 г. Малый Совнарком (постоянная комиссия для предварительной подготовки решений СНК) принял решение об упразднении Отдела культов при НКЮ. Однако вскоре П.А. Красикову удалось привлечь к решению вопроса главу советского правительства. 5 декабря 1922 г. В.И. Ленин вызвал к себе секретаря Малого Совнаркома Григория Моисеевича Леплевского и предложил объяснить причины решения об упразднении V отдела НКЮ. Г.М. Леплевский, как он записал в воспоминаниях, объяснил, что «процесс отделения церкви от государства должен считаться законченным, что именно это было главной задачей отдела П.А. Красикова, что для охвата новых тенденций, обнаружившихся в делах церкви, потребовалась бы иная, гораздо более мощная государственная организация». В.И. Ленин высказался против создания государственной организации по делам церкви и заявил, что небольшой, но достаточно квалифицированный аппарат отдела культов приобрёел за годы существования значительный опыт, поэтому «искать более квалифицированного нет в этом случае нужды». В тот же день Малый Совнарком пересмотрел своё решение и утвердил сохранение «церковного» отдела в системе НКЮ. В последующий период значение V отдела в системе государственных учреждений уменьшилось: фактически он превратился в экспертно-консультативный орган. Согласно Положению о НКЮ, утверждённому СНК РСФСР 1 февраля 1923 г., на V отдел культов возлагались: «...Разработка проектов и издание инструкций и циркуляров в области советской политики по отношению к церковным и культовым объединениям; общее наблюдение за правильным применением декретов об отделении церкви от государства..., а также Закона от 21 декабря 1920 года об освобождении от службы в войсках по религиозным убеждениям..., разработка материалов и данных всех ведомств, имеющих отношение в той или иной степени к культам и религиозным объединениям всех направлений». 25 августа 1924 г. произошла очередная реорганизация центральных государственных органов, ответственных за проведение религиозной политики. Для контроля за соблюдением конфессионального законодательства был образован Секретариат по делам культов при Президиуме ВЦИК во главе с заместителем председателя ВЦИК П.Г. Смидовичем. Одновременно был окончательно упразднён V отдел культов НКЮ. Его бывший руководитель П.А. Красиков продолжил работу в религиозной сфере в составе Антирелигиозной комиссии при ЦК РКП(б), членом которой был с октября 1922 г.