По запросу ВЧК в её центральные и региональные управления направляли в качестве экспертов по церковным делам ведущих специалистов Ликвидационного отдела (например, Иван Анатольевич Шпицберг в 1920 г. одновременно занимал должности «эксперта и следователя по особо важным делам» VIII отдела НКЮ и по совместительству юрисконсульта и с 1921 г. начальника седьмого (впоследствии шестого) «антицерковного» отделения Секретного отдела (СО) ВЧК). Между руководством VIII отдела и ВЧК возникали разногласия по поводу тактических методов «борьбы с церковной контрреволюцией». Так, в конце 1919 г. П.А. Красиков резко выступил против предложений начальника СО ВЧК Мартиниш Янович Лациса о необходимости оказывать тайную поддержку «прогрессивному» (просоветскому) духовенству ради раскола в церкви. Однако в 1922 г., когда руководство РКП(б) взяло курс на раскол церкви через поддержку обновленчества, V отдел перешёл к политике благожелательного отношения к обновленческим организациям при усилении давления на структуры канонической церкви, в частности, через введение фактического запрета на деятельность епархиальных управлений РПЦ (вначале под видом «полного проведения декрета об отделении церкви от государства», потом – под предлогом отсутствия у них государственной регистрации). Полномочия Ликвидационного отдела НКЮ РСФСР формально распространялись только на территорию Советской России. После окончания гражданской войны на Украине было принято Постановление СНК Украинской ССР от 3 августа 1920 г. «О согласовании законодательной практики УССР и РСФСР по вопросу об отделении церкви от государства». В соответствии с этим Постановлением 1 июля 1921 г. при НКЮ УССР был образован Ликвидационный отдел по отделению церкви от государства; при губернских и уездных отделениях юстиции в УССР, как и в РСФСР, было предписано создать территориальные органы по проведению религиозной политики – ликвидационные столы (с августа 1921 г. – ликвидационные комиссии). В других советских республиках, где военные действия затянулись на более длительный срок, аналогичные учреждения не были созданы, видимо, из-за прекращения к тому времени активной деятельности центрального V отдела НКЮ РСФСР. В начале 1920 гг. стала очевидной неспособность территориальных органов «церковного» отдела Наркомата юстиции осуществлять свои прямые обязанности по регистрации местных религиозных объединений и контролю за их деятельностью. Текущая работа с конфессиональными общинами на местах постепенно стала переходить к более организованным структурам Наркомата внутренних дел (в Петрограде, например, это произошло в октябре 1921 г.). Подобная практика была официально закреплена Положением о НКВД РСФСР, утверждённым Постановлением ВЦИК и СНК РСФСР от 24 мая 1922 г. Согласно этому положению, в обязанности Отдела общих дел Организационно-административного управления НКВД входило «проведение в жизнь декрета об отделении церкви от государства в части, касающейся административных распоряжений и мероприятий, использования молитвенных домов всех культов, наблюдение за исполнением договоров на пользование молитвенными домами и т.п.». При этом продолжало действовать Положение о НКЮ, согласно которому на его V отдел возлагалось «наблюдение за проведением в жизнь декрета об отделении церкви от государства». В связи с этим в СНК было принято решение «проверить, не получится ли параллелизма и трений в работе... по вопросу об отделении церкви от государства».