В своих ответах в Москву Тульский губисполком объяснял, что «национализация вероисповедных имуществ… не представляется неотложной и настоятельной задачей текущего момента», и предлагал отложить проведение мероприятий в религиозной сфере до более благоприятных времён. Это вызвало крайне негативную реакцию VIII отдела, однако его руководство могло лишь настойчиво призывать тульские губернские власти к немедленному выполнению своих распоряжений. Помимо контроля за исполнением нового религиозного законодательства VIII отдел активно участвовал в проведении государственной антирелигиозной пропаганды. В выходившем с начала 1919 г. печатном органе отдела журнале «Революция и церковь» часто публиковали статьи с нападками на православную церковь. В идеологической борьбе руководство VIII отдела занимало гораздо более жёсткую позицию, чем, например, Наркомпрос во главе с Анатолием Васильевичем Луначарским, который выступал преимущественно за просветительские, а не административно-силовые методы «борьбы с религиозными предрассудками». Наиболее масштабным антицерковным мероприятием, организованным VIII отделом в 1919–1920 гг., стала кощунственная кампания по вскрытию мощей. Грубые силовые действия в отношении православных святынь вызывали конфликты не только с верующими, но и с работниками государственных музеев и сотрудниками Наркомпроса. Кампания по вскрытию мощей совпала с проводимым Ликвидационным отделом массовым закрытием монастырей. Те монашеские обители, которые смогли сохраниться в качестве сельскохозяйственных коммун, подвергались со стороны отдела тщательному контролю. В журнале «Революция и церковь» был специальный раздел, где печатались сообщения о монастырях и монастырских сельхозартелях. При малейших подозрениях в нарушении советского законодательства о культах, об «эксплуатации» монахами «религиозных суеверий» или проведении ими контрреволюционной агитации монастыри, сохранявшиеся как коллективные сельские хозяйства, подлежали немедленному закрытию. Формально действие декрета «Об отделении церкви от государства и школы от  церкви» и, соответственно, компетенция VIII отдела распространялись на объединения всех религиозных культов. При этом работой с нехристианскими конфессиями на национальных окраинах занимался Наркомат по делам национальностей (Наркомнац), в системе которого, в частности, был образован Мусульманский комиссариат (Муском). В военно-политических целях Муском проводил благожелательную политику по отношению к исламским религиозным объединениям, если только они не занимали открыто антисоветские позиции. В регионах с преимущественно мусульманским населением декрет «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» в этот период фактически не исполнялся. Например, в начале 1920 гг. в автономных республиках и областях Северного Кавказа при местных наркоматах юстиции официально действовали не ликвидационные, а шариатские отделы. Помимо Мускома в Наркомнаце существовал и Еврейский комиссариат, который, напротив, в местах компактного проживания еврейского населения проводил по отношению к иудейским религиозным объединениям исключительно жёсткую политику. В 1920 г., в связи с закрытием территориальным органом (евсекцией) Еврейского комиссариата синагог в Витебске, VIII отдел, реагируя на протесты местного населения, даже пытался вмешаться в ситуацию, что, впрочем, не имело успеха.