К 1939 г. у обновленцев оставалось около десятка архиереев. В апреле 1941 г. для координации деятельности сохранившихся в стране обновленческих общин было создано очередное ВЦУ в составе «первоиерарха митрополита» Виталия (Введенского) и его заместителя – «митрополита» Александра Введенского. Однако заметного влияния на жизнь обновленческих приходов упомянутое ВЦУ оказать не успело ввиду начавшейся Великой Отечественной войны. После нападения германских войск на СССР обновленческое руководство обратилось к верующим с воззванием, в котором призывало всех встать на защиту Родины и оказать посильную помощь фронту. По всей стране развернулась активная работа по сбору средств в фонд обороны. В начале октября 1941 г. «митрополит» Виталий (Введенский) устранился от должности «Первоиерарха обновленческих православных церквей в СССР» и передал полномочия «митрополиту» Александру Введенскому. 14 октября 1941 г. ввиду угрозы взятия Москвы германскими войсками руководство обновленческой церкви наряду с руководством Московской патриархии и иных религиозных объединений было вывезено в эвакуацию в город Ульяновск. По указанию властей для руководства церковной жизнью обновленчества в Москве были оставлены два «архиерея», для чего совершены архиерейские хиротонии архимандрита Сергия (Ларина) во «епископа» Звенигородского и протопресвитера Анатолия (Филимонова) во «епископа» Коломенского (в брачном состоянии). В это же время было воссоздано обновленческое Московское епархиальное управление. В 1942 г. возобновили деятельность Свердловская, Тульская и Ярославская обновленческие епархии, на которые были назначены архиереи. 18 апреля 1943 г. для руководства Ленинградской епархией в Москве была совершена хиротония протопресвитера Сергия Румянцева во «епископа» Ладожского, викария Ленинградской епархии (в брачном состоянии). Осенью 1943 г. советским руководством был взят новый курс в отношении православной церкви. Это было связано с возрождением церковной жизни на оккупированных немцами территориях и с желанием Иосифа Виссарионовича Джугашвили (Сталина) ускорить процесс открытия второго фронта, смягчить напряжённость в стране и использовать Московскую патриархию в пропагандистских целях. 4 сентября в Кремле состоялась встреча И.В. Сталина с митрополитами Сергием (Страгородским), Алексием (Симанским; впоследствии патриарх Московский и всея Руси Алексий I) и Николаем (Ярушевичем), после которой в экстренном порядке был собран архиерейский Собор Русской православной церкви 8 сентября 1943 г., избравший митрополита Сергия (Страгородского) на патриарший престол. Постановлением СНК от 14 сентября 1943 г. был образован специальный правительственный орган, призванный координировать отношения власти с церковью, – Совет по делам Русской православной церкви во главе с сотрудником госбезопасности Георгием Григорьевичем Карповым. 12 октября 1943 г. Г.Г. Карпов направил И.В. Сталину записку об отношении к обновленцам, составленную после беседы с патриархом Сергием (Страгородским).