Помимо этого при синоде действовали Миссионерский совет и Учебный комитет. К числу духовно-учебных заведений обновленцев относились Московская богословская академия (1923–1935 гг.), в которой обучались лица христианского исповедания от 18 лет, получившие светское или законченное духовное образование, священнослужители, а также женщины на правах вольнослушателей. Первый выпуск из 13 человек состоялся в 1926 г. В Ленинграде действовал Высший богословский институт (1924–1929 гг.), в который принимались лица, имеющие среднее образование, а не имевшие такового допускались на занятия в качестве вольнослушателей. В 1927 г. в институте обучалось больше 50 студентов. Осенью 1925 г. в Киеве была открыта Киевская высшая богословская школа (1925–1929 гг.), к обучению в которой допускались лица со средним образованием, а не имевшие такового посещали её на правах вольнослушателей. В 1927 г. в школе обучался 61 студент. До 1926 г. обновленческая церковь рассматривалась властями как единственная православная церковная организация. Обновленческий синод получил признание некоторых восточных патриархов, официальные представители которых входили с обновленцами в евхаристическое общение. В связи с намерением Константинопольского патриарха Григория VII Зервудакиса созвать в 1925 г. Вселенский Собор 10–18 июня 1924 г. в Москве состоялось обновленческое «Великое Предсоборное Совещание Российской Православной Церкви», избравшее Константинопольского патриарха своим почётным председателем. Совещание обратилось в СНК с петицией о предоставлении священнослужителям прав членов профсоюзов, разрешении обучать детей до 11 лет Закону Божию, о ведении церковью актов гражданского состояния, о возвращении ей конфискованных чудотворных икон и мощей, о передаче Троице-Сергиевой лавры (практически все эти просьбы были отклонены). Провозглашение лояльности Московской патриархии советскому государству, выразившееся в принятии «Декларации» 1927 г. Заместителем Патриаршего Местоблюстителя митрополитом Сергием (Страгородским; впоследствии патриарх Московский и всея Руси) и членами его синода, устранило формальное различие в политических позициях патриархии и обновленческого синода, а последовавшая легализация органов управления Московской патриархии коренным образом изменила отношение властей к обновленчеству. К началу 1930 гг. в рамках общего жёсткого курса на уничтожение религии в СССР власть фактически перестала делать различие между обновленцами и «тихоновцами». После утверждения Собором 1925 г. автокефалии обновленческой церкви на Украине руководство расколом осуществлялось украинским синодом, который был органом коллегиального управления и состоял, по образцу Всероссийского синода, из президиума и пленума. Украинские обновленцы допускали практику совершения богослужения на украинском языке, однако в ряде случаев препятствовали совершению церковных служб на русском языке. Официальным органом украинских обновленцев был журнал «Голос Православной Украины», выходивший с 1925 г. со статьями на русском и украинском языках. С 1926 по 1929 гг. усилиями украинских обновленцев издавался ежегодный православный церковный календарь. 6–14 мая 1928 г. в Харькове состоялись заседания третьего Всеукраинского поместного Собора с участием 135 делегатов, в том числе. 34 архиереев, 57 клириков и 44 мирян, представлявших все украинские обновленческие епархии. Делегаты Собора с удовлетворением восприняли информацию о том, что в украинской обновленческой церкви не проводилось никаких реформ, в том числе были упразднены принятые Московским собором 1923 г. послабления в области брачного права для клириков и отменён женатый епископат.