Собор составил пространное исповедание веры, описал богословские взгляды церкви и отправил эти тексты в послании папе Римскому Григорию IX (дальнейшие контакты с католиками не привели к положительным результатам). В те же десятилетия в связи с угрозой распада единой структуры Константинопольской церкви Никейская империя должна была пойти на существенный пересмотр прежней византийской политики в отношении балканских славянских народов. Нуждаясь в союзниках для победы над латинянами, никейцы стремились заручиться поддержкой Болгарского и Сербского государств. В первые десятилетия XIII в. болгары и сербы склонялись к союзу с Римом и даже номинально признавали примат папской курии. Однако постепенно этот союз распадался. В 1220 г. Собор в Никее во главе с патриархом Мануилом рукоположил святого Савву I Сербского во архиепископа Печского, независимого от Охридской архиепископии. Ответные протесты архиепископа Димитрия Хоматиана и Эпира не были приняты во внимание. В конце 1220 гг. ввиду усиления Эпира сложились союзнические отношения между Никейской империей и царём Болгарии Иваном Асенем II. Союзники совместно выступали против Эпира и Константинополя. В подтверждение доверительных отношений Никейской империи и Болгарии в конце 1234 г. был заключён брак между сыном Иоанна Ватаца Феодором II и Еленой, дочерью Ивана Асеня. В то же время Собор Константинопольской церкви в Лампсаке объявил о признании автокефалии Болгарской православной церкви, архиепископ Иоаким I Тырновский был провозглашён патриархом. Единственным ограничением самостоятельности для болгар осталась необходимость поминать имя Константинопольского патриарха на литургии. Таким образом, Никейская империя благодаря своей церковной политике успешно сочетала лояльное отношение к славянам и жёсткое отстаивание своих прав в грекоязычных регионах Балкан. Тесный союз дворца и патриархии в Никейской империи разрушился в преддверии освобождения Константинополя, с приходом к власти императора Михаила VIII Палеолога. Дворцовый переворот с отстранением от власти и убийством императора Иоанна IV, организованный императором Михаилом VIII, становится причиной его конфликта с патриархом Арсением Авторианом. Возрождавшаяся империя чувствовала себя вновь в силе диктовать церкви свою волю. Император Михаил VIII добился низложения и соборного осуждения патриарха Арсения Авториана, но часть иерархов выступила против императора, что породило 50-летний арсенитский раскол. Константинопольская церковь тоже ощутила себя носительницей нравственных ценностей, способной в ряде вопросов высказывать независимое суждение. Несмотря на эти противоречивые тенденции, общий итог взаимодействия государства и церкви в Никейской империи выглядит, скорее, по мнению исследователей, как некоторое расшатывание авторитета светской и укрепление духовной власти. Период распада империи в первой половине XIII в. привёл к заметному падению морального авторитета императорской власти, которая прежде веками казалась незыблемой. Различные интеллектуалы и идеологи XIII в. (Димитрий Хоматиан, Никифор Влеммид, Георгий Акрополит) открыто обсуждали возможность сосуществования ряда православных и даже греческих государств при сохранении единой церкви, тем самым способствуя закреплению сепаратизма в византийском мире. Спасение от латинского ига в 1261 г. возродило авторитет имперской идеи для Константинополя, но прецедент падения государственного авторитета остался в памяти (в будущем византийские императоры ещё активнее должны будут опираться на церковь).