Никейцы соглашались признать примат папской власти в церковных делах в обмен на отказ Рима от поддержки Латинской империи. Несмотря на догматические и литургические расхождения, стороны были готовы признать близость православного и католического вероучения. С соборными предложениями очередное византийское посольство отправилось в Рим. Однако интенсивные контакты были прерваны в 1254 г., после того как почти одновременно умерли император Иоанн Ватац, патриарх Мануил II и папа Римский Иннокентий IV. В 1256 г. переговоры состоялись в Фессалонике, куда прибыли послы папы Александра IV, и где в то время находились император Феодор II и патриарх Арсений Авториан, оба менее толерантные по отношению к католикам. Новых успехов эти контакты не принесли; окрепшая Никейская империя, уже угрожавшая полным уничтожением латинян в Константинополе, теперь не очень нуждалась в выстраивании отношений с папством. В письме патриарха Арсения папе особенно подчёркивалась роль императора в делах христиан. Патриарх настаивал на том, что переговоры о судьбе церквей должны проходить непосредственно с императором, а не с Константинопольской церковью. Это был тезис, явно подрывавший идеологию суверенитета Римской церкви над светскими правителями и вновь утверждавший сотрудничество церквей Востока с подлинной законной православной имперской властью. Даже если это сотрудничество носило подчинённый характер, оно в большей мере соответствовало канонической и правовой традиции империи, нежели самостоятельность (самочинность) Рима. Тем не менее, контакты Никейской империи с Римско-католической церковью в дальнейшем были использованы византийцами как прецедент и основа для продолжения переговоров, которые привели к заключению Лионской унии. В отношениях с другими церквами православного мира Никейская империя с самого начала претендовала на лидерство, что не вызывало возражений в большинстве случаев, но неоднократно требовало принятия решений, не стандартных для практики прежней Константинопольской церкви. Изначально авторитет Константинопольского престола, оказавшегося в Никее, был весьма высок. Уже в 1209 г. в Никею прибыл архиепископ Исаия Кипрский, чтобы получить подтверждение своих прав главы Кипрской православной церкви. Православные киприоты испытывали гнёт латинян столь же жестокий, как и константинопольцы, и обращение к поддержке Никейской империи казалось спасительным шагом, даже если для этого необходимо было поступиться частью прав древней автокефалии. В последующие десятилетия Никея неоднократно участвовала в судьбе Кипра. Здесь принимали и поддерживали изгнанного латинянами архиепископа Неофита I; патриарх Герман II в 1232 г. направил официальный протест папе Римскому Григорию IX по факту гибели 13 монахов-киприотов от рук латинян. Никейцы неизменно поддерживали православную общину в Константинополе.