Отношения между никейцами и сельджуками были нормализованы в 1216 г., при султане Кей-Кавусе I, когда был заключён мирный договор, и обе стороны начали совместно действовать против Трапезунда. В конце 1214 г. на встрече императора Феодора и латинского императора Генриха I Фландрского был заключён мирный договор в присутствии папского делегата кардинала Пелагия, который участвовал в диспутах о вере с представителями Константинопольской церкви. В вопросе о возобновлении церковного общения стороны оставались непреклонными. Преемником Феодора I в 1221 г. стал муж его дочери Ирины деспот Иоанн III Дука Ватац. Византийская административная структура, доставшаяся Никейской империи, не претерпела серьёзных изменений, кроме сокращения влияния на неё бюрократии; выросло количество фем. Как и при Комнинах и Ангелах в XII в., многие придворные и правительственные должности были заняты членами аристократических семей, а также родственниками правящей фамилии. В первые годы создания Никейской империи в Никее и Магнисии (ныне Маниса) начали работать мастерские по чеканке собственной монеты. В 1219 г. император Феодор заключил торговый договор с Венецией, что дало Никейской империи некоторую возможность принимать участие в перераспределении доходов от транзитной морской торговли в регионе черноморских проливов. Императоры Никейской империи выделяли средства на возведение крепостей на всех направлениях, постоянно укрепляли свои владения, накапливали резервы вооружения и продовольствия. В 1224 г. Иоанн III в Никее подавил заговор Андроника Нестонга и своих дядей, двух младших братьев Феодора I, которые попытались оспорить его власть. В том же году одержал победу над латинянами в битве при Пиманионе и начал успешную экспансию в прибрежные районы Вифинии и Геллеспонта. В 1224 г. всё восточное и южное побережье Мраморного моря и пролив Дарданеллы перешли к Никейской империи, за исключением Никомидии. У Никейской империи появился свой флот. К концу 1220 гг. никейцы овладели островами Лесбос, Самос, Хиос. К середине 1230 гг. окончательно определилось военное доминирование Никейской империи над латинянами. В 1235 г. никейцы захватили полуостров Галлиполи, принадлежавший раньше венецианцам, и начали продвижение на европейских землях. В 1235–1236 гг. в союзе с болгарским царём Иоанном Асенем Иоанн III дважды осаждал Константинополь, но не добился решительного успеха. Владения Никейской империи во Фракии постепенно расширялись. В 1243 г. эпирский деспот Иоанн Комнин Дука признал Иоанна III Ватаца своим сюзереном; в 1246 г. никейцы присоединили Фессалонику и значительную часть Македонии. В 1251 г. император Иоанн Ватац вновь осаждал Константинополь. В 1253 г., потерпев новые неудачи в борьбе с Никейской империей, эпирский правитель Михаил VII Дука вновь признал себя вассалом Никеи.