В поисках союзников в разных странах Иоанн Ватац в конце 1230 гг. установил дружественные отношения с римско-германским императором Фридрихом II Штауфеном, а в 1244 г., после смерти первой супруги Ирины, женился на его незаконнорождённой дочери Констанце Ланчии, которая приняла православное имя Анна. Союз с Фридрихом II Штауфеном был важен для Никейской империи в атмосфере продолжавшегося непримиримого противостояния с Римско-католической церковью. Переговоры никейцев с папскими послами не давали результатов, поддержка Латинской империи из Рима неизменно продолжалась, что делало папство, по сути, главным идеологическим врагом Никейской империи. После смерти Иоанна III в 1254 г. престол Никейской империи перешёл к его сыну Феодору II Дуке Ласкарю, который большую часть времени посвящал научным трудам. В 1255 г. союз Никейской империи с Болгарией распался. Болгары вторглись во владения никейцев, но потерпели неудачу. По условиям нового договора Феодор II ещё больше расширил свои владения во Фракии. Последние годы истории Никейской империи отмечены нараставшим внутренним конфликтом между правящей династией Ласкарей и кланом Палеологов, которые в преддверии обозначившейся перспективы неминуемого освобождения Константинополя уверенно претендовали на верховную власть. Глава клана Михаил Палеолог (византийский император Михаил VIII Палеолог; 1259–1282 гг.) обвинялся в заговоре ещё при жизни Иоанна Ватаца, но сумел оправдаться. Он пользовался поддержкой провинциальных семей феодалов Никейской империи, недовольных сосредоточением власти внутри клана Ласкарей. Судьбу Ласкарей решила неожиданная смерть императора Феодора II 16 августа 1258 г. в возрасте 34 лет. Престол перешёл к его семилетнему сыну Иоанну IV Дуке Ласкарю, что в условиях феодального общества означало в ближайшем будущем неизбежную вспышку междоусобной борьбы. Регентами при Иоанне IV были объявлены великий доместик Георгий Музалон и патриарх Арсений Авториан. Спустя несколько дней после смерти Феодора II Михаил Палеолог организовал расправу с кланом Музалонов, которые были перебиты в Сосандрском монастыре близ Нимфея. Михаил Палеолог был назначен великим дукой и регентом при Иоанне IV; 1 января 1259 г. провозглашён императором в Никее. Параллельно с политической борьбой император Михаил Палеолог активизировал наступление на Латинскую империю, к этому времени потерявшую почти все владения и не имевшую перспектив развития в будущем. В 1259 г. он осаждал и штурмовал Галату, хотя и безуспешно, вёл переговоры с императором Балдуином II о сдаче Константинополя, захватил Силимврию (Силиврию, ныне Силиври). 25 июля 1261 г. в отсутствие главных сил рыцарей в Константинополе никейский отряд кесаря Алексея Стратигопула неожиданно и без боя занял византийскую столицу. 15 августа император Михаил Палеолог совершил триумфальный въезд в Константинополь и был вторично коронован в соборе Святой Софии как император ромеев. Византийская империя была воссоздана, а Никейская империя вошла в её состав. В декабре 1261 г. император Михаил Палеолог приказал ослепить Иоанна IV и отправить его в крепость.