Примером сложной коллизии стало поведение Серпуховского епископа Мануала (Лемешевского; впоследствии митрополит), который в конце 1920 гг. проявил себя как борец с иосифлянством в Ленинграде и Серпухове, а в 1930 гг. примкнул к «непоминающим» и тайно рукоположил для мечёвцев нескольких священников, но затем выдал их НКВД. Органы государственной безопасности начали преследовать «непоминающих» как недостаточно лояльных к советской власти сразу же после возникновения движения. Если первоначально аресты оппозиционеров были выборочными, то с 1929 г. они стали массовыми, и к началу 1930 гг. практически все ведущие представители «непоминающих» в СССР подверглись репрессиям, что, впрочем, было связано не только с их целенаправленным преследованием, но и с общим ужесточением антирелигиозной политики в стране. В течение 1930 гг. открытые проявления церковной оппозиции, в основном, были подавлены, а в ходе массового террора 1937–1938 гг. практически все её видные представители, ещё остававшиеся в живых, были физически уничтожены (как и большинство сторонников митрополита Сергия). Изменение политики советской власти в отношении Московской патриархии в годы Великой Отечественной войны не привело к прекращению преследований оставшихся «непоминающих». Напротив, вскоре после избрания и интронизации патриарха Сергия (Страгородского), осенью 1943 г., органами государствуенной безопасности было сфабриковано масштабное следственное дело «Антисоветское церковное подполье», к которому привлекли последних остававшихся в живых архиереев из числа «непоминающих» – епископов Афанасия (Сахарова) и Василия (Преображенского), а также близких к ним клириков и мирян. Епископ Афанасий (Сахаров) оказался единственным «непоминающим» архиереем, который в заключении пережил предвоенный террор и военные годы. В новых условиях жизни РПЦ он принял решение примириться с Московской патриархией, что впоследствии описывал духовным чадам следующим образом: «Когда в 45 г., будучи в заключении, я и бывшие со мною иереи, не поминавшие м[итрополита] С[ергия], узнали об избрании и настоловании П[атриарха] Алексия, мы, обсудивши создавшееся положение, согласно решили, что так как, кроме П[атриарха] А[лексия], признанного всеми Вселенскими Патриархами, теперь нет иного законного Первоиерарха Русской поместной Церкви, то нам должно возносить на наших молитвах имя Патр[иарха] А[лексия] – как Патриарха нашего, что я и делаю неопустительно с того дня». Примеру епископа Афанасия последовали и другие «непоминающие», однако не все. Наиболее радикальная часть оппозиции осталась непримиримой. В итоге возникшее во многом из «непоминающих» катакомбное движение, лишаясь с годами не только архипастырей, но и канонически поставленных пастырей, стало постепенно изменяться, приобретая всё более ярко выраженные сектантские черты. Некоторые дожившие до 1980 гг. представители движения перешли под омофор РПЦЗ, другие же стали сектантами. В 1920–1930 гг. принадлежность «непоминающих» к РПЦ, несмотря на внешнее отделение от Московской патриархии, не вызывает сомнений. Убедительным подтверждением внутрицерковного характера движения «непоминающих» стала в 2000 гг. канонизация значительного числа его представителей, как сравнительно умеренных (митрополит Кирилл, митрополит Агафангел), так и весьма жёстко выступавших против митрополита Сергия (епископ Виктор, Михаил Новосёлов).