Осенью 1884 г. с дочерьми (Екатериной и Натальей) Б.П. Мансуров в последний раз отправился в Иерусалим, где пробыл с 28 сентября 1884 г. по 12 апреля 1885 г. Ему поручалось помочь Русской духовной миссии урегулировать отношения с греческой патриархией и российским консульством. Кроме того, стояла задача выяснить возможности расширения помещений для растущего потока русских паломников. Вместе с Б.П. Мансуровым Палестинская комиссия командировала архитектора Фёдора Мартиновича Эппингера, сына М.И. Эппингера. Ему поручалось определить на месте технические возможности для расширения паломнических приютов, а также выполнить по просьбе Б.П. Мансурова для его научно-археологических изысканий точные планы с произведённых Палестинским обществом в 1883 г. раскопок на так называемом Русском месте. Это было самое продолжительное пребывание Б.П. Мансурова в Иерусалиме. Он уговорил начальника Русской духовной миссии архимандрита Антонина (Капустина) подписать совместный протокол о перепланировке помещений здания Миссии в целях расширения Дворянского приюта, который так и не имел собственного пристанища до строительства Сергиевского подворья. Для архимандрита Антонина (Капустина) этот неизбежный компромисс снимал давнюю угрозу упразднения самой Миссии. Особое внимание Б.П. Мансуров уделил исследованию раскопок, произведённых на средства Православного Палестинского общества архимандритом Антонином (Капустиным) и немецким архитектором-археологом Конрадом Шиком, увенчанных открытием Порога судных врат. Б.П. Мансуров не был согласен с прямолинейной библейской трактовкой полученных результатов. Критический разбор отчёта Палестинского общества о русских раскопках в Иерусалиме он напечатал в книге «Базилика императора Константина в Святом граде Иерусалиме» (1885 г.). Вскоре после возвращения из Палестины семья Б.П. Мансурова была вынуждена перебраться из Санкт-Петербурга в Ригу (1887 г.). В 1889 г. Палестинская комиссия была ликвидирована, а её имущество в Палестине и денежные средства были переданы Палестинскому обществу, которое стало именоваться Императорским. С тех пор пути Б.П. Мансурова и Палестинского общества практически не пересекались, но его отношения с православным Востоком не прекращались. Б.П. Мансуров получал письма восточных иерархов, помогал своему сыну Павлу, служившему в Константинопольском посольстве, реализовать в Санкт-Петербурге идею учреждения Русского Археологического института в Константинополе. Он переписывался с насельниками монастырей Афона, одним из первых откликнулся на кончину схиархимандрита Макария (Сушкина). С годами Б.П. Мансуров стал заниматься храмостроительством и благотворительностью. Человек глубокой и искренней религиозности, он сумел воспитать в духе православия и своих детей. Его сын служил в посольстве в Константинополе, постоянно участвовал в совместных совещаниях представителей Министерства иностранных дел и Императорского Православного Палестинского общества по вопросам взаимодействия с Восточными патриархатами. Внук – священник Сергей Павлович Мансуров. Большой религиозностью отличались и супруга Б.П. Мансурова, М.Н. Мансурова, и их дочери, фрейлины Высочайшего двора Екатерина (в монашестве игуменья Сергия) и Наталья (монахиня Иоанна). В 1891 г. в Риге ими были учреждены приют для бедных девочек и богадельня для престарелых женщин (с октября 1892 г. – иноческая община, по определению Синода от 31 декабря 1901 г. – 12 января 1902 г. – монастырь). Торжественное открытие рижского во имя Святой Троицы монастыря состоялось 15 сентября 1902 г. Одним из благотворителей обители был праведный Иоанн Кронштадтский (Сергиев). Единственный каменный храм монастыря, во имя преподобного Сергия, построенный на средства Б.П. Мансурова, был освящён 20 июня 1893 г. Б.П. Мансуров был погребён в склепе Троицкого собора.