Основная деятельность Б.П. Мансурова развернулась в Сенате: 1 сентября 1864 г. он был зачислен на службу в первое отделение пятого департамента Сената, 21 декабря того же года – во второй департамент, 8 января 1865 г. стал сенатором, 11 января причислен к департаменту Герольдии, 2 июня того же года – к первому отделению шестого департамента, 21 апреля 1867 г. перешёл в седьмой департамент Сената. Два последних департамента Сената находились в Москве, и Мансуровы переехали из Санкт-Петербурга в столицу. В это время иерусалимский опыт Б.П. Мансурова вновь оказался востребованным. 30 мая 1868 г. он был назначен вице-президентом комиссии по постройке в Москве храма Христа Спасителя и до 1872 г. исполнял эту должность. С 1 января 1872 г. был членом Государственного совета. После завершения Русско-турецкой войны (1877–1878 гг.) изменилась ситуация в Министерстве иностранных дел и в русском Иерусалиме. Убийство императора Александра II 1 марта 1881 г. и совершившееся вскоре паломничество в Иерусалим великих князей Сергия и Павла Александровичей и великого князя Константина Константиновича ознаменовали начало новой истории старого императорского проекта России в Палестине. 21 мая 1882 г. было торжественно объявлено об открытии в России нового Православного Палестинского общества, общественной организации, во главе которой стоял великий князь Сергий Александрович. Из прежних деятелей Палестинского комитета и Палестинской комиссии в список членов-учредителей Палестинского Православного общества вошёл только Б.П. Мансуров. Однако найти общий язык с руководителями новой структуры ему не удалось. Василий Николаевич Хитрово писал, что в Б.П. Мансурове «блестит священный огонёк к Святой земле, но он в течение последних 20 лет ничего не сделал для Иерусалима. Не с любовью, а с каким-то ожесточением говорил он всегда против этих монахов». Кроме того, они расходились и в подходе к тактике отношений Русской церкви с Иерусалимским патриархатом. Б.П. Мансуров на первое место ставил права и интересы греческого духовенства, в Палестинском обществе Т.И. Филиппова и Б.П. Мансурова считали эллинофилами и противопоставляли им «эллинофобов Хитрово и Степанова». Расходились они и в конкретных оценках материального положения Иерусалимской церкви. Возникшая полемика и личные объяснения с В.Н. Хитрово привели к тому, что в 1884 г. Б.П. Мансуров был забаллотирован при очередных выборах в Совет Православного Палестинского общества. В Азиатском департаменте он пытался преодолеть инерцию в Палестинской комиссии, членов которой невозможно было даже собрать, поскольку у Б.П. Мансурова не было над ними никакой власти. Поставить вопрос о необходимости расширения и улучшения существовавших в Иерусалиме приютов официально ему не удалось, но косвенным результатом было согласие Министерства иностранных дел на новую командировку Б.П. Мансурова в Иерусалим.