В 1913 г. в монастыре находились органы управления местного муниципалитета, в том числе суда. В описи монастырского имущества, составленной в этот период настоятелем архимандритом Гедеоном (Маричем), упоминаются 50 га пахотной земли, 70 га лесов и фруктовых деревьев, в библиотечном каталоге значатся 77 церковных и 16 поучительных книг, в том числе рукописный печатный Октоих 1493 г. Богатая ризница Милешево была постепенно разграблена турками, некоторые предметы в настоящее время хранятся в Музее Сербской православной церкви, в Церковном музее в Загребе и в других собраниях. 6 июня 1935 г. в Милешево прошли торжества в честь 700-летия со дня смерти святителя Саввы Сербского, которые возглавил Сербский патриарх Варнава (Росич). В них приняли участие Охридский епископ Николай (Велимирович) и митрополит Дабро-Босанский Пётр (Зимонич), члены сербского правительства и местные власти. В честь торжеств был освящён колокол, подаренный обители королём Александром Карагеоргиевичем. Во время Второй мировой войны в октябре 1941 г. возле монастырских стен партизаны расстреляли настоятеля игумена Нестора (Тркулю), ныне он почитается как местночтимый святой. После проведения аграрной реформы в 1946 г. вместо 181 га угодий Милешево было оставлено 30 га пашни и 30 га леса. В 1948 г. близ храма построили здание управления местной задруги (сельскохозяйственные кооперативы в Югославии). Монастырь фактически превратился в музей и памятник архитектуры, его посещали многочисленные экскурсии, во время которых о святителе Савве даже не упоминалось. Главными ценностями Милешево считались его уникальные фрески, прежде всего, «Белый Ангел». В 1960 гг., 1974, 1980–1981, 1990, 1994 и 1998–2005 гг. в монастыре были проведены реставрационные работы и археологические раскопки, во время которых вокруг храма открылись фундаменты зданий разных периодов, были обнаружены захоронения и несколько пустых гробниц. Результаты этих исследований позволили исследователям предположить, что собор был построен на месте древнего храма. В 1992 г. в связи с восстановлением Милешевской епархии возродилась и духовная жизнь в обители. Милешево вновь стал центром почитания святителя Саввы, а в соборе была поставлена символическая рака (кивот), в которой, по преданию, его мощи хранились раньше. 6–8 сентября 2012 г. в Милешево прошёл международный научный симпозиум «Восемь веков монастыря Милешево» при участии исследователей из Сербии, России, Италии, Греции, Болгарии, Румынии, Хорватии и Черногории.