Первое упоминание о написанной здесь «повелением игумена Спасова Спиридона» книге («Прологе») относится к 1264 г. В целом в милешевском скриптории и его библиотеке хранились многочисленные рукописи разных периодов. В середине XVI в. обитель поддерживала связи с печатником Божидаром Вуковичем. Специально купленная для Милешево в Венеции при игумене Данииле типография издала «Псалтирь» с восследованием (1544 г.), «Требник» (1546 г.) и после перерыва повторно «Псалтирь» (1557 г.). В сложные времена османского владычества монастырь часто получал помощь благодаря широко распространённому почитанию святителя Саввы. Венецианские послы, о посещении которых сохранились известия от 1499, 1533, 1550 и 1580 гг., подчёркивали, что обитель уважают как православные, так и мусульманские местные жители. Итальянский путешественник Катерино Дзено сообщал, что в 1550 г. в Милешево жили 50 монахов, ему подчинялись 20 расположенных поблизости монастырей. М. фон Зейдлиц, посетивший Милешево в 1556–1559 гг., писал, что в нём проживают около 60 монахов, и что обитель очень красива и богата. В 1558 г. русский царь Иван IV Васильевич Грозный подарил Милешево серебряную чашу. Богатые вклады в обитель делали валашский воевода Александру Лэпушняну с супругой Роксаной, происходившей из сербского рода Бранковичей, молдавские правители Раду XII Леон и Георге II Дука. Уроженцы расположенных близ Милешево мест великий османский везир (1565–1579 гг.) Мехмед-паша Соколлу (перед тем как его забрали в Стамбул как «подать в крови», был чтецом в монастыре) и патриарх Печский (1557 –1570/1571 гг.; как полагают исследователи, до патриаршества был настоятелем Милешево) способствовали восстановлению обители. В 1594 г. турки забрали из Милешево мощи святителя Саввы и сожгли их в Белграде. Считается, что османский гнев был вызван восстанием местных сербов и деятельностью обители по возвращению принявших ранее ислам сербов (потурченцев) в православие и крещению турок. Но среди местного населения распространены легенды, что мощи святителя подменили (или сохранили от них частицу), и они продолжают находиться в обители или где-то поблизости. XVII век стал периодом наиболее тесных связей Милешево с Московской Русью. О контактах обители в более ранние века с восточнославянскими землями говорят как размещение ростовых изображений благоверных князей Бориса и Глеба на восточной стороне пилястры в милешевском соборе (одно из первых свидетельств почитания восточнославянских святых в южнославянских землях в XIII в.), так и упоминание перенесения в Милешево мощей святителя Саввы в русском «Лицевом летописном своде» (1570–1580 гг.).