В 1214 г. произошла венгерская оккупация Галицкой земли: «...Король Угорьскыи посади сына своего в Галичи, а епископа и попы изгна из церкви, а свое попы приведе латиньскые на службу» («Полное собрание русских летописей», том 25). Всё это сопровождалось попытками осуществления унии церквей. Венгерский король Андраш II обещал прислать русских епископов на четвёртый Латеранский собор (1215 г.). Лишь в 1219 г. прибывший в Юго-Западную Русь из Новгорода князь Мстислав Мстиславич Удатный вместе с князем Владимиром Рюриковичем смог выгнать венгров из Галицкой земли, но война шла до 1221 г., когда Мстиславу Мстиславичу Удатномуй удалось одержать победу. В 1218 г. новгородцы позволили изгнанному прежде архиепископу Митрофану вернуться на Софийскую кафедру. Ставленник Матфея архиепископ Антоний не подчинился их воле и обосновался в пригородном Спасо-Преображенском монастыре на Нередице. По решению князя Всеволода Мстиславича (который был прислан из Киева в том же году его отцом Киевским князем Мстиславом Романовичем) и новгородцев оба претендента были отправлены в Киев на митрополичий суд: «...Идита к митрополиту, да кого нам прислеть, то нашь владыка» («Новгородская Первая Летопись»). Изменившиеся политические обстоятельства заставили Матфея вынести решение, противоположное тому, что было им принято в 1210 г. Митрополит, очевидно, учёл старейшинство по хиротонии архиепископа Митрофана, и ожидания просуздальской партии новгородцев были удовлетворены. Митрофан был оправдан митрополитом, все обвинения, выдвигавшиеся в его адрес раньше, были отвергнуты (очевидно, они носили церковно-правовой характер); по решению церковного суда он был оставлен на Новгородской кафедре. Антоний стал епископом Перемышля, наиболее западного города Галицкой земли («Антония митрополит у себе в чести, въда ему епископью в Перемышли» – «Новгородская Первая Летопись»). По мнению исследователей, в 1219/1220 г. Перемышльская епархия была по этому случаю выделена из состава Галицкой. В Галиче с 1219 г. княжил сторонник Антония князь Мстислав Мстиславич Удатный, и, согласно Анджею Поппе, «основание Перемышльской кафедры... надо рассматривать как результат договорённости между митрополитом и галицким князем»). По другому мнению, Перемышльская кафедра могла существовать уже в 1120 гг., а затем была включена в состав новообразованной Галичской. По мнению Ярослава Николаевича Щапова, при Матфее в структуре Русской церкви появилась также Угровская епархия, по времени создания хронологически последняя до нашествия монголов. Новая кафедра была основана по инициативе Галицко-Волынского князя Даниила Романовича при поддержке Матфея и Киевского князя Мстислава Романовича, в 1219–1220 гг., «сразу после возвращения Забужья и основания города Угровска» («Новгородская Первая Летопись»). В Лаврентьевской летописи отмечается, что Матфей скончался «месяца августа в 19 на память святаго Андрьяна и Натальи» («Полное собрание русских летописей», том 1). Между тем память указанных святых отмечается 26 августа (по ст. ст.). В летописи, очевидно, допущена ошибка; 19 августа празднуется память святого мученика Андрея Стратилата, в день которого, как полагают исследователи, скончался митрополит.