Уже в 1529 г., после начала работы так называемого реформационного парламента, который по указанию короля Генриха VIII начал готовить законодательную базу для реформирования Английской католической церкви и её отделения от Рима, Томас Мор осознавал, что его представления о религиозной политике расходятся с желаниями короля. Вследствие этого в годы канцлерства он занимался преимущественно упорядочением светского законодательства и старался не вмешиваться в сложные отношения короля Генриха VIII с Римом и высшим английским духовенством. Однако король был хорошо осведомлён о прокатолической позиции Томаса Мора, поэтому (по мере того как при дворе усиливалась партия сторонников полного разрыва с католической церковью) Томас Мор становился всё более подозрительным и нежелательным лицом, а его полномочия всё сильнее ограничивались. В мае 1532 г. король Генрих VIII предъявил высшему английскому духовенству требование подписать «Покорность клира» («Submission of the Clergy») – решение Конвокации Английской церкви о том, что король является высшим судьёй в церковных делах. Почти все епископы уступили требованиям короля; это означало полный провал политики Томаса Мора, который рассчитывал, что королю не удастся сломить сопротивление Английской церкви реформам. Сразу после этого, 16 мая 1532 г., Томас Мор возвратил большую государственную печать Англии, заявив тем самым о своей отставке. Он стал частным лицом и удалился в своё имение в Челси. После отставки продолжал поддерживать связи с консервативными и оппозиционно настроенными епископами, а также выпускал новые полемические антипротестантские сочинения; это не могло не вызывать неудовольствия при дворе, однако первоначально король Генрих VIII рассчитывал, что со временем Томас Мор перейдёт на его сторону, и не давал санкции на какие-либо административные меры против него. Серьёзный удар доброжелательному отношению короля к Томасу Мору был нанесён, когда Томас Мор не только отказался присутствовать на состоявшейся 1 июня 1533 г. коронации Анны Болейн, но и в своём разъяснении епископам призывал тех следовать церковным канонам и не признавать развод и второй брак короля. Генрих VIII воспринял это как личное оскорбление и дал разрешение противникам Томаса Мора при дворе начать поиск улик, которые позволили бы обвинить его в государственных преступлениях. В феврале 1534 г. против Томаса Мора был начат уголовный процесс в парламенте по обвинению в «государственной измене».