В годы гражданской войны в Испании (1936–1939 гг.) в корпусах упразднённого монастыря проживали и вывезенные испанские дети. В 1926 г. по просьбе директора Путивльского краеведческого музея П.М. Коренева в трапезной церкви Молченской Софрониевой пустыни был открыт филиал музея. В 1932 г. в селе был закрыт последний приходский храм Рождества Пресвятой Богородицы, клирик которого иеромонах Даниил (Титаренко), бывший насельник Молченской Софрониевой пустыни, служил в ветхой крестьянской хате. В 1939–1940 гг. на территории обители был развёрнут Путивльский концентрационный лагерь для польских военнопленных, где по состоянию на 1 ноября 1939 г. находилось 1525 польских офицеров. Во время Великой Отечественной войны монастырские постройки использовали советские партизаны под командованием Сидора Артемьевича Ковпака. Часть зданий пострадала в ходе боёв. В 1948–1952 гг. большинство храмов и других зданий пустыни было разобрано. Кирпичи использовались при строительстве помещений Бунякинского пенькотрепального завода, колхозов «Мировая революция» и «Социалистический труд». В 1989 г. Сумской облисполком взял под государственную охрану уцелевшие монастырские надвратную церковь, трапезную, ограду с воротами, настоятельский и больничный корпуса. В 1999 г. начались работы по восстановлению собора Рождества Пресвятой Богородицы, Успенской церкви и по реставрации храма пророка Илии, надвратной Покровской церкви и трапезной, в которой в 2001 г. был освящён храм во имя преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских. В 1999–2009 гг., при настоятеле архимандрите Германе (Тимонике), обитель, которая раньше была скитом, получила статус самостоятельного монастыря, зарегистрировала устав в органах власти 21 ноября 2008 г. В 2002 г. пустынь посетил митрополит Киевский и всея Украины Владимир (Сабодан), который освятил целебный источник и благословил начало восстановления собора Рождества Пресвятой Богородицы. 14 апреля 2009 г. Синод Украинской православной церкви прославил подвижников Молченской Софрониевой пустыни в составе новоучреждённого Собора преподобных отцов Молченских. К ним относятся архимандрит Софроний (Батоврин), иеромонах Серапион (ум. в 1718 г.), архимандрит Феодосий (Маслов) и послушник Сергий Тихонов. Они являются местночтимыми святыми Конотопской и Глуховской епархии. При настоятеле (2009–2012 гг.) архимандрите Николае (Полищуке), 14 октября 2010 г., был освящён восстановленный надвратный Покровский храм. В 2012 г. наместником стал иеромонах Диодор (Дудка; впоследствии архимандрит). 25 мая 2013 г. в лесу близ Молченской Софрониевой пустыни состоялась торжественная закладка Иоанно-Предтеченского мужского скита на месте разрушенного скита, существовавшего в 1891–1920 гг. Восстановлена Антониево-Феодосиевская часовня в монастырских пещерах. Молченская Софрониева пустынь владеет около 10 га земли, пасекой. Главными святынями обители являются Молченская и Иверская иконы Божьей Матери. Иверская икона была принесена в дар сумским атаманом Лукьяном Кондратьевым около 1710 г., прославилась чудесами, исчезла в 1920 гг. В 2001 г. обители была подарена новая Иверская икона Божьей Матери. Также в Иоанно-Предтеченском скиту до его разрушения находились две местночтимые святыни: списки икон Божьей Матери Донской и «Утоли моя печали».