С 1765 г. Молченской Софрониевой пустынью управляли наместники епископов Севских и Брянских, а с 1787 г. – епископов Белгородских и Курских (с 1799 г. – Курских и Белгородских). 12 января 1779 г. указом Синода Молченскую Софрониеву пустынь возглавил игумен Феодосий (Маслов), подвижник, который пришёл из Тисманского монастыря Валахии. При этом первым выборным настоятелем Молченской Софрониевой пустыни стал игумен Герман (Ингул), утверждённый в этой должности синодальным указом от 23 января 1779 г. С дозволения Синода игумен Феодосий (Маслов) ввёл в Молченской Софрониевой пустыни афонский общежительный устав, употреблявшийся в молдавских монастырях. При игумене Феодосии (Маслове) в пустыни подвизался монах Пётр (Сковородка; впоследствии иеросхимонах Пахомий, духовник братии Глинской в честь Рождества Пресвятой Богородицы пустыни). В 1787 г. игумен Феодосий (Маслов) был возведён в сан архимандрита, скончался в 1802 г. Курский и Белгородский архиепископ Феоктист (Мочульский), узнав о смерти архимандрита Феодосия (Маслова), 12 декабря 1802 г. отправил в пустынь для поддержания духа скорбящей братии почитаемого иеромонаха Евтихия «с тем, чтобы и после погребения покойного оставаться в вашей (т.е. в Молченской) пустыни». Иеромонаху Евтихию поручалось «всё возможное старание приложить о скорейшем освидетельствовании церковных, ризничных и монастырских вещей по описям». Около 1803 – 1804 гг. духовником братии Молченской Софрониевой пустыни был старец иеромонах Евфимий, которого 22 февраля 1804 г. архиепископ Феоктист (Мочульский) назначил настоятелем Глинской пустыни. Но «по старости лет» он не смог управлять обителью и вскоре вернулся в Молченскую Софрониеву пустынь. Силами назначенного в 1807 г. архимандрита Иоасафа (Волошина), ученика архиминдрита Феодосия (Маслова), был построен и в октябре 1808 г. освящён храм в честь Вознесения Господня. Учеником другого ставленника архимандрита Феодосия (Маслова), Досифея, был иеромонах Филарет (Данилевский), в 1806–1817 гг. служивший благочинным Молченской Софрониевой пустыни (в обители это была третья должность после настоятеля и строителя). Впоследствии иеромонах Филарет (Данилевский) по образцу составленного старцем Феодосием (Масловым) устава Софрониевской пустыни ввёл аналогичный уклад монашеской жизни среди братии Глинской пустыни, написав для неё отдельный устав. Позже уставы Молченской Софрониевой пустыни и Глинской пустыни, отчасти повторявшие афонский, легли в основу устава возрождаемой Святогорской Успенской пустыни в Харьковской губернии. Около 1817 г. в Молченскую Софрониеву пустынь поступил будущий схиархимандрит преподобный Илиодор (Голованицкий). В 1829 г. из Киево-Печерской лавры в Молченскую Софрониеву пустынь пришел послушник Сергий Тихонов (ум. в 1879 г.), уроженец города Ельца. В обители он прожил около 50 лет, исполнял послушания на кухне и в пекарне, нёс подвиг юродства, имел дар прозорливости и исцеления.