В 1672 г. в Молченской Софрониевой пустыни поселился ученик Симеона Полоцкого послушник Симеон (в монашестве Сильвестр) Медведев вместе с братом Борисом. В пустыни Симеон Медведев вёл активную переписку с московскими адресатами – Симеоном Полоцким, настоятелем Чудова монастыря Евфимием и др. Вскоре Симеон Медведев переселился во Льпиновскую пустынь. В XVII в. митрополит Сарский и Подонский Павел III (1675 г.) передал для Молченской Софрониевой пустыни редкое издание Острожской Библии (1581 г.; впоследствии утрачено). В условиях нестроений монах Софроний был оклеветан и в 1672 и 1677 гг. высылался из монастыря, но впоследствии возвращён. При строителе Софронии близ деревни Куровяковка был основан, очевидно, первый пустынножительный скит монастыря, сначала имевший статус подворья. О нём впервые упоминается в грамоте царей Ивана Алексеевича и Петра Алексеевича от 31 декабря 1693 г. На подворье проживало восемь послушников. По имени строителя пустынь стала именоваться также Софрониевой. В 1692 г. игумен Софроний был похоронен в соборном храме. Новым настоятелем стал иеромонах Серапион (ум. 17 июля 1718 г.). Современники называли Серапиона «мужем чудной жизни и высоких добродетелей». По грамоте председательствующего в Синоде Рязанского митрополита Стефана (Яворского) от 4 марта 1716 г. в помощь иеромонаху Серапиону в его строительных трудах были назначены монахи Иоанн, Зосима и Феодосий. При иеромонахе Серапионе в обители был построен двухэтажный собор в честь Благовещения Пресвятой Богородицы (1710 г.) с церковью в честь Успения Пресвятой Богородицы (1714–1718 гг.) на втором этаже. К Благовещенскому собору в 1717 г. была пристроена колокольня в готическом стиле. Одновременно была сооружена трапезная с храмом преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских. В 1724 г. по просьбе игумена Зосимы (Курдюмова) к Молченской Софрониевой пустыни был приписан обветшавший путивльский Борисоглебский мужской монастырь, который был восстановлен молчанской братией. В 1758 г. в качестве подворья Молченской Софрониевой пустыни упоминается деревянная Крестовоздвиженская церковь в Путивле, в 1770 г. «упразднённая из-за ветхости». В 1734 г. стараниями игумена Сергия (Самойлова) в Молченской Софрониевой пустыни построили летний храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы, в 1751–1760 гг., при игумене Иувеналии (Мартиненкове), – каменные больничную Сретенскую и надвратную Покровскую (1757 г.) церкви. В 1766 г., при игумене Арсении, в Молченской Софрониевой пустыни был обустроен пещерный храм во имя преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских. В 1762 г. в Благовещенском соборе был освящён придел Преображения Господня. В 1776 г. стараниями возглавлявшего пустынь в 1770–1779 гг. игумена Софрония (Хижнякова) на средства помещика Ионы Левшина в Благовещенском соборе была построена Ионинская церковь.