В 1839 г., после перевода епископской кафедры из Полоцка в Витебск, в Марковом витебском монастыре поселился Полоцкий епископ Исидор (Никольский). В обители к Покровскому храму была пристроена и 2 ноября 1847 г. Полоцким архиепископом Василием (Лужинским) освящена церковь во имя Митрофана Воронежского. В 1842 г. Марков витебский монастырь был возведён в степень первого класса, его содержание Высочайше утверждено и составило 3185 руб. серебром в год (к 1912 г. содержание повысилось до 4085 руб.). В пользование обители было оставлено 160 десятин пахотной и сенокосной земли, 140 десятин дровяного леса. Часть этой земли (хутор Шидловщина) насельники возделывали сами, хутор Юрковщина сдавали в аренду за 100 руб. Монастырю принадлежало озеро Команское (Кошанское), которое сдавалось в аренду за 152 руб., мельница сдавалась в аренду за 600 руб. К январю 1854 г. штат Маркова витебского монастыря предполагал двадцать насельников, но в нём проживало лишь десять человек. К монастырю был приписан заштатный Невельский монастырь, на который отчислялись средства для трёх иеромонахов, иеродиакона и послушника. В 1884 г. при Марковом витебском монастыре была устроена школа. В 1912 г. по ходатайству епископа Полоцкого и Витебского Никодима (Бокова) решением Синода Марков витебский монастырь был обращён в общежительный. В 1913 г. его настоятель (с 1905 г.) архимандрит Пантелеимон (Рожновский) был хиротонисан во епископа Двинского, викария Полоцкой епархии. В 1920 г. Марков витебский монастырь был закрыт, в 1922 г. в его корпусах организован детский дом. Многие здания были разрушены, включая Троицкую церковь – памятник белорусского деревянного зодчества. Во время Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. в Покровской церкви, переосвящённой в честь Казанской иконы Божьей Матери, возобновились богослужения. В дни Светлой седмицы 1942 г. Витебск с миссионерской поездкой посетил насельник Жировицкого в честь Успения Пресвятой Богородицы мужского монастыря архимандрит Серфафим (Шахмуть) вместе со священником Григорием Кударенко (впоследствии архимандрит Игнатий). Казанский храм пострадал во время освобождения Витебска от немецко-фашистских оккупантов, затем был отремонтирован. Эта церковь оставалась единственной в Витебске, не закрывавшейся после войны. Главный престол храма был освящён в честь Казанской иконы Божьей Матери, придел – во имя преподобного Сергия Радонежского. Другие здания обители были переданы резинотесёмочной фабрике, затем комбинату шёлковых тканей. В конце 1970 гг. была снесена монастырская колокольня. 23 ноября 2000 г. решением Синода Белорусской православной церкви монастырь был возрождён. Летом 2002 г. комбинат шёлковых тканей передал обители пятиэтажное административно-хозяйственное здание. Была отреставрирована Казанская церковь, в которую перенесён список Казанской иконы Божьей Матери (XVII в.) в серебряном окладе. Среди святынь монастыря – ковчеги с частицами мощей святителей Григория Богослова, Тамбовского архиепископа Питирима, Белгородского епископа Иоасафа (Горленко), Московского митрополита Филарета (Дроздова), Киевского митрополита Владимира (Богоявленского), а также святых преподобных Дивеевских Елены, Марфы и Александры и икона с частицей мощей великомученика Пантелеимона. Восстановлены жилой и хозяйственный корпуса. Настоятелем Маркова витебскоого монастыря является архиепископ Витебский и Оршанский Димитрий (Дроздов), наместником – иеромонах Аристарх (Мисник).