Это распоряжение было весьма актуальным, т.к. ещё 1 мая 1636 г. король Владислав IV Ваза послал свой указ Полоцкому, Витебскому и Мстиславскому архиепископу Сильвестру (Косову), бывшему земянину Витебского повета. Правитель Речи Посполитой запрещал ему приезд в Полоцк и Витебск, где архиерей должен был совершать православные богослужения и другие святительские обязанности («Акты Западной Руси», том 1). Однако архиепископ Сильвестр (Косов) нарушил королевский наказ: посетил Витебск, где 13–23 мая 1636 г. жил «в квартире на плаце Браславскаго судьи Ивана Мирскаго», родственника С. Мирского. В городе совершал богослужения и, несомненно, посетил Марков витебский монастырь. Благодаря его действиям многие витебляне вернулись в православие, чем вызвали протест униатского архиерея Антония (Селявы), который требовал от короля устроить скорейшее расследование происшедшего («Акты Западной Руси», том 1). Несмотря на штраф в 10 тыс. злотых, архиепископ Сильвестр (Косов) продолжил пастырскую деятельность в Витебске, опираясь на власти Маркова витебского монастыря. Так, 31 мая 1641 г. архиерею пришла повестка от оршанского подсудка Якова Вислоуха. В ней сообщалось о решении Виленского трибунала от 31 июля 1640 г. по жалобе униата архиепископа Антония (Селявы) против Юрия Цыпки и его жены, обвинявшихся «в нарушении мира между униатами и неуниатами, разных возмущениях, постройки в г. Витебске за р. Двиною, на Слободском посаде, православной церкви, возмущении простаго люда и присоединении его к православию», а также о «насильственном отнятии чернецом Елисеем церковных грунтов и снятии с них ржи». Монах Елисей, вероятно, был насельником Маркова витебского монастыря, т.к. других православных обителей поблизости от Витебска не было («Акты Западной Руси», том 1). Несмотря на гонения, деятельность правосласвного духовенства, включая братию Маркова витебского монастыря, привела к тому, что 21 марта 1646 г. архиепископ Антоний (Селява) констатировал, что большинство горожан вернулись из унии в православие («Акты Западной Руси», том 1). В 1650 г. в Марковом витебском монастыре была построена деревянная церковь во имя Святой Троицы. Во время Русско-польской войны (1654–1667 гг.) обитель получила в дар список Казанской иконы Божьей Матери (см. Витебская Маркова монастыря икона Божьей Матери). По одним данным, этот образ в 1655 г. пожаловал в Марков витебский монастырь царь Алексей Михайлович, когда население Витебской митрополии добровольно подчинилось его власти; по другим – этим списком чудотворной иконы Патриарх Московский и всея Руси Никон благословил «Живоначальныя Троицы, Марковскаго и Витепскаго монастыря» игумена Каллиста (Дорофеевича-Риторайского), «мужа благочестива и богобоязнива, и в добрых искусна», назначенного 13 марта 1656 г. наместником на Полоцкую кафедру. Исследователи полагают, что икона была передана в дар Маркову витебскому монастырю ещё в 1651 г. В 1675 г. права и привилегии братии Маркова витебского монастыря были подтверждены епископом Мстиславским, Оршанским и Могилёвским Феодосием (Василевичем). 8 июля 1686 г. наместник и администратор Белорусской епископии Сильвестр Волчанский выдал благословенную и подтвердительную жалованную грамоту властям полоцкого Богоявленского Братского монастыря и Маркову витебскому монастырю о предоставлении им старинных прав, подтверждённых прежними архиепископскими грамотами, отправлять поочерёдно своих монахов в город Ригу, чтобы в её православных храмах совершать богослужения, требы и собирать милостыню («Акты Западной Руси», том 5).