17 февраля 1687 г. это решение было подтверждено Киевским митрополитом Гедеоном (Святополком-Четвертинским), который требовал от властей Дисненского и Друйского монастырей соблюдать права Маркова витебского монастыря («Акты Западной Руси», том 5). Однако (как полагают исследователи) богослужения в Риге так и не состоялись, и в 1696/1697 г. по этому вопросу к Патриарху Московском и всея Руси Адриану были вынуждены обратиться настоятель полоцкого Богоявленского Братского монастыря игумен Каллист и игумен Маркова витебского монастыря Феофан «с братиею». 2 февраля 1697 г. патриарх выдал им новую грамоту, подтверждавшую исключительные права обеих обителей на богослужебную деятельность в Риге («Акты Западной Руси», том 5), а в 1699 г. их власти, предъявив привилей Киевского митрополита Варлаама (Ясинского), добились получения новой подтвердительной грамоты по данному вопросу и у Мстиславского и Могилёвского епископа Серапиона (Полховского) («Акты Западной Руси», том 5). В 1690 г. на месте сгоревших в Марковом витебском монастыре были выстроены деревянные Троицкая и Покровская церкви. Ктитором первой из них выступил мечник Великого княжества Литовского князь Симеон Карл Огинский. В XVIII в. в Витебске обители принадлежало несколько дворов, а за городом – несколько деревень. 28 ноября 1720 г. Марков витебский монастырь в числе других православных обителей получил подтверждение своих прав и свободу вероисповедания в пределах Великого княжества Литовского от польского короля, саксонского герцога и Литовского великого князя Августа II Сильного. В 1751 г. униатами была осуществлена попытка захвата власти в Марковом витебском монастыре, однако она потерпела неудачу, т.к. суд принял во внимание указание православных на грамоту покойного ктитора обители князя Самуила Льва Огинского. В 1730 г., при настоятеле игумене Мефодии (Олешкевиче), за оградой была построена деревянная церковь во имя Николая Чудотворца (перестроена и освящена 3 июня 1856 г. Василием (Лужинским), архиепископом Полоцким и Витебским), а на монастырском хуторе Шидловщина – деревянная на каменном фундаменте церковь во имя великомученицы Параскевы. Рядом находились целебный источник во имя великомученицы Параскевы и часовня. В 1760 (1752?) г. в Марковом витебском монастыре на месте Покровской церкви был построен каменный храм в стиле барокко с элементами раннего классицизма. Он был крестово-купольным, имел развитый притвор, три полукруглые апсиды, высокие арочные окна и пилястры. Декоративная рамка-бленда была размещена на центральной апсиде. Боковые фасады храма и его притвора завершались треугольными фронтонами с арочными проёмами. В 1750–1760 гг. была возведена колокольня, третий ярус которой достроен в 1858 г., при настоятеле архимандрите Павле (Чичкевиче). На колокольне было восемь колоколов, самый большой весил 130 пудов. В 1773 г. по указу Синода Марков витебский монастырь был причислен к Псковской епархии, 10 января 1795 г. переподчинён Могилёвской епархии. С 1798 г. настоятелями были архимандриты. В 1812 г. Марков витебский монастырь был разграблен войсками французского императора Наполеона I, но инокам удалось спрятать в лесу Казанский образ Божьей Матери. Вскоре Марков витебский монастырь был возрождён, в 1833 г. переподчинён Полоцкой епархии.