В 1441 г. Василий II Васильевич вынудил Киевского митрополита Исидора Грека, принявшего Флорентийскую унию, покинуть Москву. В 1448 г. новым митрополитом на Соборе русских епископов (при решающем воздействии великого князя) был избран бывший Рязанский епископ Иона. С этого времени Русская церковь стала автокефальной. После смерти Василия II Васильевича в 1462 г. на престол вступил его старший сын, 22-летний Иван III Васильевич. Уже на следующий год он присоединил к московским владениям (по договорённости с местными князьями) Ярославское княжество. Великий Новгород со второй половины XIII в. признавал политическое верховенство великих князей Владимирских (т.е. в XV в. фактически Московских), но практически сохранял самостоятельность. В 1470–1471 гг. часть новгородской знати склонилась к переходу под сюзеренитет великого князя Литовского и короля Польши Казимира IV Ягеллончика. Иван III Васильевич выступил в поход на Великий Новгород, нанёс новгородцам летом 1471 г. поражение на реке Шелони; по заключённому тогда мирному договору к великому князю отходили новгородские «части» Волока Ламского (ныне Волоколамск) и Вологды, в остальном же договор соответствовал «старине». Ликвидация новгородской независимости произошла позже, в результате похода великого князя в конце 1477 г. – начале 1478 г., который окончился капитуляцией новгородского боярского правительства на условиях Ивана III Васильевича, потребовавшего, чтобы Новгород не отличался по своему положению от других составных частей его государства. Одновременно происходило обретение Московским великим княжеством государственного суверенитета – освобождение от верховной власти хана Орды. В 1472 г. хан Большой Орды (главного наследника былой ордынской державы, в середине XV в. распавшейся на несколько ханств) Ахмат совершил поход на Москву (по-видимому, в поддержку претензий Казимира IV на Великий Новгород). В конце июля хан с крупными силами подошёл к городу Алексину на правом берегу Оки. Гарнизон Алексина оказал упорное сопротивление и задержал противника на два дня. Когда же город был взят, на левом берегу Оки появились московские войска. Попытка татар переправиться через реку была отбита. В ночь на 1 августа Ахмат поспешно отступил. После отражения похода 1472 г. Иван III Васильевич перестал выплачивать дань Большой Орде и начал переговоры о союзе против Казимира и Ахмата с крымским ханом Менгли-Гиреем, что фактически означало прекращение зависимости от Большой Орды. При этом в 1473–1475 гг. продолжался обмен послами с Ахматом. Но в 1476 г., когда пошёл уже пятый год неуплаты дани, посол хана приехал в Москву с требованием к Ивану III Васильевичу явиться к нему в Орду. Великий князь не поехал, и конфликт стал неизбежным. Ахмат не выступал во второй поход до 1480 г., пока не договорился о военном союзе с Литвой. Летом 1480 г. он, наконец, двинулся на Москву, и произошло так называемое стояние на Угре – двухмесячное противостояние ордынского и московского войск на реке, отделявшей московские владения от литовских: ни одна из сторон не предприняла решительных действий. Казимир IV так и не пришёл на помощь Ахмату, и в начале ноября хан увёл войска в степь. Таким образом, попытка Ахмата восстановить власть над Московским великим княжеством сорвалась.