В 1800 г. другая принадлежавшая ему часовня (Благовещенская в Мещовске) была упразднена, из неё в монастырскую церковь перенесли образ Божьей Матери «Всех скорбящих Радость», почитаемый местным населением. Позже икона, для которой устроили киот с резным балдахином, была украшена кованой сребропозлащённой ризой и сребропозлащённым венцом с короной, изумрудами и бриллиантами. Икону передавали в дома к жителям Мещовска для совершения молебствий. Император Павел I стал оказывать помощь заштатным монастырям. С 1797 г. Мещовский монастырь получал ежегодное подаяние в 300 руб., с 1798 г. владел мельницей и рыбной ловлей на реке Рессе, при селе Тараскове близ города Мосальска, а с 1801 г. – 30 десятинами земли близ ограды. В XIX в. земельные владения были ещё расширены: в 1851 г. монастырь получил около 69 десятин леса в урочище Бурдыкино Мосальского уезда, в 1861 г. по указу Калужской духовной консистории взамен этого участка – около 72 десятины на казённой даче Каменка Перемышльского уезда, а по завещанию помещика Н.М. Егорова – около 101 десятины при селе Никитине Мещовского уезда. При Мещовском монастыре были посажены фруктовые сады площадью 4 десятины, а также берёзовая роща. К 1914 г. денежный капитал Мещовского монастыря в банке составлял 55 901 руб. 81 коп. В 1802 г. в Мещовском монастыре был введён общежительный устав. Важным событием стало торжественное погребение в июне 1812 г. в монастырской средней восточной башне блаженного Андрея Мещовского. Рядом положили его топорик, который он всегда носил с собой. На могиле стали служить панихиды, были зафиксированы случаи исцелений. Башню после этого стали называть Андреевской. 24 сентября 1816 г. в двухэтажном каменном здании, специально построенном в монастыре, открылось Мещовское духовное училище. В 1860 гг. смотрителем духовное училища был протоиерей Валентин Николаевич Амфитеатров. В XIX в. обсуждался вопрос о переводе училища из монастыря в город; оптинский старец Амвросий (Гренков) призывал «очистить обитель от училищного населения». Перевод состоялся в 1880 гг., в училищном корпусе была размещена братская трапезная с кухней. 24 сентября 1916 г. настоятель Мещовского монастыря иеромонах Георгий (Лавров) участвовал в праздновании 100-летия училища. В 1819–1820 гг. вместо разобранной обветшавшей колокольни при храме была возведена колокольня с часами. От сильной бури в 1833 г. пострадала одна из башен, а в 1836 г. – все здания обители. Синод выделил больше 19 тыс. руб. на их восстановление. Настоятель (1842–1853 гг.) иеромонах Никодим (Демутье) занимался перестройкой монастыря. Со старого двухэтажного храма были сняты четыре угловые главы, он был оформлен фасадом в итальянском стиле, полностью переделан изнутри и расписан. Колокольня стала выше и была увенчана шпилем. Были перестроены ограда (шатровые верхи на некоторых башнях заменены надстройками с бойницами), святые ворота (разобрана надвратная Вознесенская церковь), келейный корпус, конный двор. Иеромонах Никодим (Демутье) строго следил за соблюдением монастырских правил, в храмовые праздники обители устраивал обеды для 200 нищих. В 1872 г. за пределами монастырской ограды была возведена гостиница.