Исследователи отмечают также улучшение делопроизводства и контроля за ним, что находило поддержку у синодальных членов. Были выделены дополнительные ассигнования из общей сметы Синода на расширение административного аппарата. В 1793 г. А.И. Мусин-Пушкин был удостоен чина тайного советника, в 1796 г. был награждён орденом святого Александра Невского. 11 марта 1794 г. А.И. Мусин-Пушкин был назначен «преемником» президента Академии Художеств «ввиду долговременной болезни» Ивана Ивановича Бецкого; с 1795 г. стал третьим президентом Академии Художеств. От лица Синода митрополит Гавриил (Петров) ходатайствовал перед императрицей об оставлении графа на обер-прокурорском посту. «Время открыло его благорасположение к наблюдению истины, твёрдость намерений, удалённую от пристрастия, приверженность к Церкви, порядочное течение дел», – писал митрополит Гавриил (Петров). Императрица ответила, что «инако и не разумела». К этому времени была окончена постройка нового здания для Академии Художеств на берегу Невы по проекту Александра Филипповича Кокоринова и Жана-Батиста-Мишеля Валлен-Деламота. Несмотря на недолгий срок пребывания в должности президента Академии Художеств (до 27 июня 1797 г.), А.И. Мусин-Пушкин проявил себя как активный руководитель. Усовершенствовал организацию учебного процесса, 2 февраля 1795 г. объединил близкие по содержанию дисциплины под руководством одного профессора, расформировал класс живописи «зверей и птиц», выпускники которого не могли «пропитать себя» своими трудами. При его содействии возник класс пейзажного гравирования под руководством немецкого мастера Игнаца Себастьяна Клаубера, который трудился в нём с 1796 г. до конца своей жизни; ввёл новую, более простую форму для всех академических чинов (мундиры малинового цвета). А.И. Мусин-Пушкин привлёк помощь Академии Художеств от богатых и авторитетных меценатов, пригласив в почётные члены митрополита Гавриила (Петрова), графа Александра Андреевича Безбородко, графа Платона Александровича Зубова, князя Николая Борисовича Юсупова, графа Петра Васильевича Завадовского. Академическое собрание пополнилось гравюрами, эстампами, бронзой, скульптурой, картинами, приобретёнными в Европе. А.И. Мусин-Пушкин заботился о пополнении академической библиотеки. Когда император Павел I закрыл Корпус чужестранных единоверцев, А.И. Мусин-Пушкин добился разрешения передать академии библиотеку, физический кабинет и «музыкантов с их инструментами». А.И. Мусин-Пушкин поощрял художественное творчество. В период его президентства в состав Академии Художеств входили такие мастера, как живописцы Иван Акимович Акимов, Пьетро ди Готтардо Гонзаго, Иван Прокофьевич Прокофьев, Григорий Иванович Угрюмов, скульпторы Фёдор Гордеевич Гордеев, Михаил Иванович Козловский, Иван Петрович Мартос, Фёдор Иванович Шубин, знакомый А.И. Мусина-Пушкина ещё по Италии, который стал профессором академии, Феодосий Фёдорович Щедрин, архитекторы Фёдор Григорьевич Волков, Адриан Дмитриевич Захаров, Иван Егорович Старов и др. Профессора академии при А.И. Мусине-Пушкине были преимущественно русскими. Не сложились у А.И. Мусина-Пушкина отношения с художником Дмитрием Григорьевичем Левицким (см. ст. Левицкие).