Также А.И. Мусин-Пушкин готовил необходимые книги, когда царица работала над пятой частью «Записок касательно Российской истории» (она пользовалась его библиотекой). Императрица Екатерина II была довольна трудами А.И. Мусина-Пушкина и восхищалась его эрудицией. О том, что он «носил нарочитое благоволение императрицы», писал и Гавриила Романович Державин. 26 июля 1791 г. А.И. Мусин-Пушкин был назначен обер-прокурором Святейшего Синода (Российский государственный исторический архив). По свидетельству историка Николая Николаевича Бантыш-Каменского, о выдвижении А.И. Мусина-Пушкина также «неотступно просили» Г.А. Потёмкина члены Синода. Так, А.И. Мусин-Пушкин был давно знаком по совместной деятельности в Российской академии с Санкт-Петербургским и Новгородским митрополитом Гавриилом (Петровым). Новое назначение предоставило А.И. Мусину-Пушкину широкие возможности для формирования собрания древних рукописей, как государственного, так и собственного. Он инициировал повеление императрицы от 11 августа 1791 г. «о взносе к её императорскому величеству всех собранных из епархий и монастырей относящихся к Российской истории летописцов и других сочинений, и о предписании всем епархиальным архиереям и монастырским настоятелям о присылке оных, ежели где ещё найдутся, в Святейший Синод». Уже через два дня из Синода пришла подробная инструкция по поиску древних рукописей. В первый год было получено около сотни рукописей. В 1794 г. прокурор Синодальной конторы получил от А.И. Мусина-Пушкина ордер, который обязывал его «справиться о Великих Четиях-Минеях Макарьевских, имеющихся в библиотеке… Успенского собора: из коих источников почерпал он… Макарий, запасы, составляющие 12 Миней его, и оное отыскивать в двух библиотеках…». А.И. Мусин-Пушкин интересовался в большей степени не делами церковного управления, а коллекционированием и историческими изысканиями и не стремился вникать в суть сложных проблем, например, жалобы Екатеринославского митрополита Гавриила (Банулеску-Бодони) на своего викария, Феодосийского епископа Иова (Потёмкина). Но в дело об обнаружении в тихвинском Большом в честь Успения Пресвятой Богородицы мужском монастыре некоего «пасквиля» он был вынужден вмешаться и переместил в апреле 1795 г. тихвинского архимандрита Игнатия в московский Симонов монастырь. Ввиду активного участия самой императрицы в церковных реформах обер-прокуроры того времени обычно занимались вопросами, которые государыня не считала существенными. А.И. Мусин-Пушкин сохранял благожелательные отношения с членами Синода, не препятствовал им делать личные доклады императрице Екатерине II и получать непосредственно от неё различные указы. Члены Синода поддерживали А.И. Мусина-Пушкина в его противостоянии генерал-прокурору Сената графу Александру Николаевичу Самойлову, который стремился подчинить себе Синод. Противоречия с «синодалами» были лишь в вопросах цензуры, за которую стала ратовать императрица во время Французской революции 1789–1799 гг. Её именным указом от 16 сентября 1796 г. учреждались смешанные цензурные комитеты, в каждом из которых наряду с двумя светскими цензорами должен был состоять и уполномоченный Синодом клирик.