Ректором семинарии, официальное открытие которой состоялось 27 октября 1817 г., был назначен его однокурсник архимандрит Моисей (Богданов-Платонов-Антипов). К ноябрю 1818 г. Михаил Леонтович также исполнял должность ректора уездного и приходского киевских духовных училищ. 12 сентября 1819 г. был назначен инспектором в обновлённую Киевскую духовную академию. 11 февраля 1820 г., накануне дня памяти святителя Мелетия, Антиохийского епископа, в Киево-Братском в честь Богоявления мужском монастыре перед литургией был пострижен в монашество, 22 февраля рукоположён во диакона, а 24 февраля того же года – во иерея. В том же году Мелетий, как инспектор Киевской духовной академии, был командирован для обозрения учебных заведений Киевского духовно-учебного округа, посетил Чернигов, Белгород, Харьков. 9 августа 1821 г. Мелетий был назначен ректором Могилёвской духовной семинарии и настоятелем оршанского Кутеинского в честь Богоявления монастыря, вскоре архиепископом Могилёвским и Витебским Иоасафом (сретенским) возведён в сан архимандрита. Был присутствующим в Могилёвской духовной консистории. В семинарии Мелетий преподавал догматическое и пастырское богословие, а также археологию, впервые завёл классные журналы. Могилёвский протоиерей Потапий Твербус-Твёрдый, один из его учеников, вспоминал, что ректор «владел чистым, мягким и выразительным голосом», «при отличном знании своих предметов и умении излагать их живо устною речью вполне овладел вниманием учеников и скоро заставил воспитанников полюбить свои уроки», «даже самые посредственные и слабые из воспитанников высшего отделения начали охотно учиться и хорошо отвечать на уроках». Ежегодно 12 февраля, в день памяти святителя Мелетия, Антиохийского епископа, Мелетий приглашал учеников к себе на чай, угощал выпечкой. Весной вместе со студентами совершал загородные прогулки и даже участвовал в играх с мячом. При этом Мелетий жёстко пресекал пороки учеников, уволил трёх воспитанников высшего отделения семинарии за пьянство. Когда Мелетий узнал, что его келейник-инок, также учившийся в Могилёвской духовной семинарии, ухаживает за юной служанкой инспектора, он изгнал его из семинарии. За два года пребывания в Могилёве Мелетий лишь три раза посетил Кутеинский монастырь, настоятелем которого являлся; освятил в обители храм в честь Богоявления. В августе 1823 г. Мелетий был назначен ректором Псковской духовной семинарии и присутствующим в Псковской духовной консистории, а 24 января 1824 г. – ректором Киевской духовной академии. В академии Мелетий преподавал Священное Писание и читал курс лекций по нравственному богословию, составленный им под влиянием «Христианского нравоучения, или Богословия деятельного» Иннокентия (Смирнова). При Мелетии было завершено строительство трёхэтажного академического корпуса. По инициативе Мелетия был восстановлен академический певческий хор, распавшийся в 1823 г. Ректор предложил Академическому правлению отобрать в Киево-Подольском духовном училище шесть учеников с хорошими голосами из числа сирот или выходцев из бедных семей, зачислить их в академический хор и поселить в зданиях академии и Братского монастыря. Предполагалось, что мальчики на время пребывания в хоре будут получать казённое содержание с процентов от академических капиталов.