В то время были созданы два известных списка Жития основателя монастыря Феодора, архиепископа Ростовского, один из которых был создан в обители в 1723 г. (Исторический музей, Российская национальная библиотека). Места хранения монастырских рукописей XVI в. уже в XIX в. не были связаны с обителью. Этот факт, а также сведения «Описной книги» монастыря 1783 г., почти не фиксирующей наличие рукописных книг, позволяют исследователям утверждать, что книжное собрание Московского Симонова монастыря к тому времени было разрозненным. «Описная книга» 1783 г. сообщает о наличии 172 книг; «Описная книга» 1800-х гг. – 112, причём большинство экземпляров печатные (Центральный государственный архив Москвы). В XIX в. почти полностью сменился книжный фонд Московского Симонова монастыря, появились рукописи, связанные с аскетической традицией преподобного Паисия (Величковского), списки его переводов. В 1903 г. наиболее интересные рукописи были переданы в Синодальную библиотеку. К 2017 г. рукописи монастырского собрания хранятся в Историческом музее, в Центральном государственном архиве Москвы (1725–1732, 1746–1774 гг.) и в Российской государственной библиотеке. С конца XIV в. в Московском Симоновом монастыре хранились акты, которые фиксировали, прежде всего, изменение размеров территории монастырской вотчины и её финансово-юридических основ существования. До 1613 г. исследователям известно около 330 актов (как самостоятельных документов, так и включённых в другие акты), сохранившихся в подлинниках и/или списках. Систематическая публикация актов более позднего времени не предпринималась. Наиболее значительные пожертвования в Московский Симонов монастырь в первой половине XVII в. фиксируют «Данные грамоты» Фёдора Ивановича Мстиславского от 26 января 1621 г. и Юрия Яншеевича Сулешева от 8 января 1643 г. (Российский государственный архив древних актов). В 1764 г. акты были переданы в Коллегию экономии. В 1666 г. со многих актов были сняты копии, которые составили «Копийную книгу», пополнявшуюся и после этого года. В ней содержатся копии 391 акта, из них 301 – за период до 1613 г. В отличие от актов «Копийная книга» не была в 1764 г. передана в Коллегию экономии и сохранялась в монастыре среди книжного фонда до начала ХХ в., пока не была перемещена вместе с рукописным собранием в Синодальную библиотеку. Вклады в монастырь фиксировались во «Вкладной и кормовой книге». Её старейшая редакция начала формироваться в 1550 гг.; позднее её текст претерпевал изменения. Старейший сохранившийся список «Вкладной и кормовой книги» относится к началу XIX в. Материалы о хозяйственной жизни и внутреннем управлении Московского Симонова монастыря после середины XVIII в. малочисленны и разбросаны по фондам разных учреждений, что могло быть обусловлено, по мнению исследователей, закрытиями монастыря в начале 1770 гг., в 1788–1795 гг., а также вторжением неприятеля в 1812 г.