Часть монахов после 1918 г. проживала на квартирах близ Московского Покровского монастыря, но богослужения совершались ежедневно. В июне 1919 г. игумену предлагалось освободить занимаемое помещение в трёхдневный срок, т.к. оно предназначалось для детского сада. Весной 1921 г. власти собирались разместить в Московском Покровском монастыре тюрьму, и монахам предписывалось в семидневный срок выехать из обители. Однако тюрьма в стенах Московского Покровского монастыря так и не была открыта. В монастырских зданиях было устроено общежитие для работников трамвайного депо; на месте кладбища был разбит парк отдыха, надгробные камни использовались как строительный материал. Оставшаяся братия зарегистрировалась как церковная община. Большую роль в объединении прихожан сыграл последний наместник (7 апреля 1923 г. – 28 октября 1929 г.) архимандрит Вениамин (Милов; впоследствии епископ Саратовский и Балашовский). Во второй половине 1920 гг. была взорвана (разобрана?) колокольня. По воспоминаниям архимандрита Вениамина (Милова), «сначала отняли колокольню и снесли её, церкви отгородили забором от жилых зданий. Потом закрыли Покровский собор, снесли часовни на кладбище, закопали могильные памятники в землю при расчистке площади кладбища под парк. Последним ликвидировали Воскресенский обительский храм». К 2017 г. в лике святых прославлены насельники или временно проживавшие в Московском Покровском монастыре преподобномученики Мефодий (Иванов), Иларион (Цуриков), Иоанн (Лаба), Сергий (Букашкин), Сергий (Крестников), мученик Василий (Иванов). Другие насельники также подвергались гонениям. Исследователи полагают, что игумен Феодосий (Тарасов; 1884–1937 гг.) после закрытия обители перешёл в храм Иерусалимской иконы Божьей Матери на Бойнях, в 1932 г. был арестован вместе с другими монахами и отправлен в ссылку; 28 октября 1937 г. арестован, 25 ноября того же года расстрелян. Иеродиакон (?) Евтихий (Тарасов), родственник игумена Феодосия (Тарасова), был арестован 16 апреля 1932 г., приговорён к трём годам ссылки в Казахстан. Дальнейшая его судьба исследователям неизвестна. Игумен Нафанаил (Скалкин; ум. в 1963 г.) после закрытия Московского Покровского монастыря проживал при храме Иерусалимской иконы Божьей Матери на Бойнях, в 1930 г. был арестован и приговорён к трёхлетней ссылке в Северный край. Иеромонах Нил (Болотов; 1901–1937 гг.) был арестован; в 1931–1933 гг. находился в лагере на строительстве Беломорско-Балтийского канала, в 1933–1934 гг. – на строительстве Байкало-Амурской магистрали; в 1934 г. освобождён, затем вновь арестован, 3 декабря 1937 г. решением тройки УНКВД по Ивановской области осуждён, 16 декабря в городе Иваново расстрелян. Монах Серафим (Аксёнов), вероятно, арестован 14 ноября 1937 г., осуждён в 1937 (1938?) г. на десять лет лишения свободы. Регент хора обители Фока Карпович Шнырук (1865–1937 гг.) 29 сентября 1937 г. был арестован, 17 октября 1937 г. тройкой УНКВД по Московской области приговорён к высшей мере наказания, 21 октября 1937 г. расстрелян на Бутовском полигоне. В течение многих лет пребывал в тюрьмах и ссылках архимандрит Иеремия (Лебедев), проживавший в Московском Покровском монастыре в 1920 гг.