Поскольку в этих епархиях действовали достаточно сильные группы обновленцев, обновленческое руководство решило использовать укрупнение БССР для усиления там своего влияния. 17–19 мая в Могилёве состоялся обновленческий «Первый белорусский областной церковный собор» для избрания главы обновленческой церкви в Белоруссии. Мелхиседек отказался от участия в этом «Соборе». В результате обновленческим «митрополитом» Могилёвским был избран перешедший в обновленчество архиепископ бывший Костромской Серафим (Мещеряков), который в сентябре того же года вернулся в каноническую церковь. Летом 1924 г. при поддержке ОГПУ в Белоруссии началась кампания по передаче церквей обновленческим общинам. Для соблюдения формальной законности отделу культов НКВД предписывалось в храмах, выбранных обновленцами, провести ревизии и при обнаружении малейших замечаний расторгать договор об аренде с прежним приходским советом. Новый договор следовало заключать только с «группой прогрессивной обновленческой общины». Подобным образом в обновленческий раскол были вовлечены около 500 приходов – немногим менее половины всех приходских общин. 12 августа 1924 г. решением властей обновленцам был передан Архиерейский дом в Минске. В августе 1924 г. против Мелхиседека было начато следствие по обвинению в сокрытии церковных ценностей во время кампании 1922 г. Архиерея поместили под домашний арест, но иногда с разрешения властей он проводил службы в минском соборе. В сентябре была запрещена деятельность БЕУ, Мелхиседек продолжал управлять епархией через личную канцелярию, организованную по месту жительства. 2 февраля 1925 г. было завершено следствие по его делу. Местные партийные органы составили проект приговора с предложением о расстреле Мелхиседека. Но в Москве вынесение ему смертного приговора сочли нецелесообразным. 17 августа 1925 г. на открытом процессе в Минске Мелхиседек был приговорён Верховным судом БССР к трём годам лишения свободы условно. Благодаря своему авторитету он по-прежнему не допускал широкого распространения обновленчества в Минской епархии. Прибывший в Минск в апреле 1925 г. обновленческий «епископ» Александр Щербаков был вынужден в октябре того же года уехать в Витебск; попытки обновленцев провести в Минске учредительный съезд сорвались: несмотря на агитацию, на собрание явились только 18 священнослужителей и мирян. Обновленческое Белорусское епархиальное управление было вынуждено разместиться в Могилёве. В 1925 г. возникла напряжённость в отношениях между Мелхиседеком и поставленными патриархом Тихоном (Беллавиным) епископами Могилёвским Никоном (Дегтяренко) и Гомельским Тихоном (Шараповым), на епархии которых Мельхиседек пытался распространить свою юрисдикцию после укрупнения административной территории БССР.