Несмотря на дипломатические усилия Мелхиседека постепенно его церковная деятельность стала вызывать всё большее недовольство у советских властей. 10 апреля 1923 г. Мелхиседек был вызван в минское ГПУ и получил указание о немедленном выезде в Москву, куда он отбыл на следующий день, оставив управление епархией своим викариям. В Москве Мелхиседек уклонился от участия в обновленческом «Поместном Соборе» в апреле-мае того же года. 15 мая обновленческий Высший Церковный Совет принял решение о замещении Мелхиседека на Минской кафедре Могилёвским «епископом» Сергием Иванцовым (впоследствии в РПЦ епископ Софроний). После освобождения 25 июня 1923 г. из-под ареста Тихона (Беллавина) находившийся в Москве Мелхиседек был принят им в общение. 18 августа патриарх Тихон (Беллавин) выдал свидетельство: «В[ысокопреосвященного] Мелхиседека признаю православным и находящимся в каноническом общении с Нами; почему беспрепятственное совершение им богослужений в православных храмах Москвы разрешаем и благословляем». 24 сентября Мелхиседек участвовал в совещании православных архиереев под председательством Тихона (Беллавина) в московском Донском монастыре, на котором решительно выступил против перехода церкви на новый календарный стиль. Под протоколом собрания Мельхиседек вопреки возражениям Тихона (Беллавина) подписался как митрополит Минский и Белорусский. В сентябре-октябре 1923 г. власти запрещали Мелхиседеку вернуться в Белоруссию, что вызывало массовые протесты верующих в Минске, где прихожане собора отказались допустить в храм «архиерея»-обновленца. В ноябре 1923 г. Мелхиседек вернулся в Минск, где публично высказался против обновленчества. Его поддержали викарии и большинство духовенства и верующих. Обновленческий «епископ» Сергий Иванцов был фактически отстранён от управления епархией. Неудачи обновленцев в Белоруссии вызвали беспокойство советских властей. В сводке шестого («церковного») отделения Секретного отдела ОГПУ от 1 января 1924 г. говорилось о ситуации в Белоруссии: «Почти всё городское духовенство принадлежит к Тихоновскому движению. В Минске нет ни одной обновленческой церкви. Обновленческое духовенство по уездам начинает замирать под влиянием Тихоновщины. Тихоновцы организовали при участии Минского духовенства и черносотенных пятерок своё Епар[хиальное] Управление, и им руководит Мелхий Седекс (так в документе), назначив своим заместителем Епархии Мозырского епископа Иоанна, быв[шего] обновленца, перешедшего к Тихоновщине». В то же время власти ещё надеялись на возвращение Мелхиседека в обновленчество и на возможность использовать его в своих интересах. В марте 1924 г. к БССР перешли от РСФСР населённые преимущественно белорусами 16 уездов Витебской, Гомельской и Смоленской губерний, в которых располагались приходы Полоцко-Витебской, Могилёвской и Гомельской (с 1925 г.) епархий.