В марте 1921 г. в Риге был заключён советско-польский мирный договор, согласно которому западная часть довоенной Минской губернии отходила Польше. Шесть восточных уездов (Минский, Слуцкий, Борисовский, Игуменский, Бобруйский и Мозырский) образовали Белорусскую ССР (с декабря 1922 г. в составе СССР). Ввиду этого под управлением Мелхиседека осталась лишь восточная часть Минской епархии, а её западная часть была передана Пинской епархии в Польше. В это время Мелхиседек получил титул епископа Минского и Туровского, т.е. вступил в права епархиального архиерея, что, по мнению исследователей, было связано с назначением 11 октября 1921 г. Патриархом Московским и всея России Тихоном (Беллавиным) прежде занимавшего Минскую кафедру архиепископа Георгия (Ярошевского) патриаршим экзархом в Польше. Мелхиседек пытался наладить отношения с советскими властями. Как писал в 1922 г. секретарь ЦК КП(б)Б Вацлав Антонович Богуцкий секретарю ЦК РКП(б) Иосифу Виссарионовичу Джугашвили (Сталину) о Минском архиерее, «Мелхиседек – большой дипломат, переживший все оккупации и ладивший со всеми правительствами. В данное время Мелхиседек старается везде подчеркнуть лояльность по отношению к советской власти». 29 марта 1922 г., во время кампании по изъятию церковных ценностей, Мелхиседек выпустил обращение к верующим, в котором поддержал действия советских властей и призвал к сдаче ценностей, не имеющих сакрального значения. По приходам были разосланы соответствующие письма. В связи с этим у местных властей сложилось мнение, что «Мельхиседека при умелом подходе можно использовать в борьбе с реакционным духовенством». В конце мая того же года Мелхиседек был вызван в минское ГПУ и получил предложение выехать в Москву для переговоров с руководством политического ведомства. Это было связано с арестом патриарха Тихона (Беллавина) и инспирированной властями попыткой захвата власти в церкви обновленческим Высшим Церковным Управлением (ВЦУ). Мелхиседек заявил о согласии выехать в Москву, но попросил отсрочку для объезда епархии. Во взаимоотношениях с обновленцами, которых поддерживали государственные власти, Мелхиседек применял дипломатическую тактику, признавая ВЦУ в Москве, но игнорируя все указания местного уполномоченного «Живой церкви». В новых условиях Мелхиседек поддержал движение части клира епархии за автономию Белорусской церкви, которому раньше, по докладам местных властей, не придавал особого значения. Теперь же церковная автономия давала возможность оградить Белорусскую церковь от влияния обновленческого центра. 19 июля 1922 г. в Минске прошло собрание уполномоченных городских приходов, на котором было принято решение о провозглашении автономной Белорусской митрополии. 22 июля ГПУ арестовало несколько участников собрания, которые «объявление автономии белорусской церкви намеревались использовать в контрреволюционных целях». Среди арестованных был и секретарь Минского архиерея И.Ф. Спасский.